女演员莎伦·温雅德(即贝尔摩)和工藤有希子向魔术师黑羽盗一学习，并成为朋友。307-308龙舌兰酒找到板仓卓，命令他开发一个系统软件，但遭到拒绝。之后，黑衣组织骚扰板仓卓，最后逼迫他犯罪。286-288年毛利兰在纽约遇到了正在追捕银发杀手的赤井秀一，在废弃的仓库里遇到了受伤正在逃跑的银发杀手。满头银发的凶手试图杀害和兰，但由于栏杆断裂，从高处坠落，被他们救出。事后发现银发凶手已自杀，但可疑的是现场所有痕迹都被抹去。(兰救下的银发杀人犯假扮贝尔摩，自杀的银发杀人犯被贝尔摩杀死)——莎伦伪造了自己的死亡，用女儿克里斯的假身份继续生活。1，2，4心怡去兰的游乐园玩时，无意中目睹了黑衣人神秘的地下交易。当她被伏特加和杜松子酒发现后，被迫灌了药，变小了。之后，她把这件事告诉了阿笠博士，并决定隐藏自己的身份。她改名为江户川·柯南，并转学到迪丹小学，成为少年侦探队的一员。五
柯南在漫画中学会了杜松子酒和伏特加的代号(在动画中，是雾霾杀狗事件的标题)。43工藤和妻子得知了柯南的身份。48-49服部平次出现，柯南白喝了一杯暂时恢复。柯南遇到了龙舌兰，但是龙舌兰马上就被杀死了。57-58服部平次得知柯南的身份，两人开始合作。宫野志保的妹妹宫野明美被杜松子酒杀死了。宫野志保拿了药变小了，逃离了组织，呆在阿笠博士的家里。她给了APTX4869这个名字，转到了迪丹小学。后来她透露，该组织在半个世纪前就已经策划了一个大计划。176-178组织的成员Pieske在北湖酒店发现了足原的身份，后被柯南解救，而Pieske则因无能被Gin枪杀。伯莫多出道，之后退役，定居日本。柯南解决了新出智明父亲的谋杀案。-随着年龄的增长，朱迪加入了美国联邦调查局，跟踪贝尔摩到了日本，并在迪丹高中当了一名英语老师。-贝尔摩制造了一场车祸，并试图杀死新出智明一家，但新的是由美国联邦调查局秘密保护。贝尔摩开始伪造他的新身份。226-227朱迪出道遇到柯南，发现他与众不同。在230到231的公交车上，少年侦探队和医生遇到了一起去美术馆的朱迪和辛楚。这时，艾觉得车上的组织成员变得非常害怕。后来，大巴被劫匪劫持。虽然在大家的努力下最终抓住了劫匪，但是艾呆在快要爆炸的车里想死，最终被柯南救了出来。布兰奇打电话来的时候，他说他在看一个人。253-254假新医生可能找到了柯南并分析了案情，用了变声器。258-259柯南等人认识了詹姆斯·布莱克，后来他被赤井接了过去。詹姆斯也发现柯南不同寻常。269-270高木提到，与毛利小五郎有关的文件被盗，然后被送回。赤井监视毛利侦探社。朱迪提到了美国联邦调查局；在她的谈话中；贝尔摩电邮杜松子酒，提到雪利酒，把飞镖扔向志保的十字照片，旁边还有柯南和兰的照片。277-278档案的丢失让柯南非常不安。他基本肯定了克里斯是该组织成员，并进一步怀疑朱迪就是克里斯。碰巧来到这里的服部哲对此非常感兴趣，于是他鼓励柯南去朱迪的公寓探险，双方接触过程中发生了一起凶杀案。虽然案子破了，但是朱迪的探索失败了。最后，一张柯南和兰的照片出现在朱迪浴室的镜子后面，照片上的字迹和贝尔摩的一模一样。随后的情节显示，这是朱迪潜入新房间(也就是贝尔摩)发现相关照片后复制的。与此同时，朱迪也了解到贝尔莫尔的目标是莫宁，柯南最后说除了朱迪之外的另外两个可疑人物应该是阿凯和纽莫尔。284-288毛利兰回忆起她和新一去纽约玩时发生的事情，想起了赤井与美国联邦调查局的同事。289-290 Haibara Ai提到沼渊己一郎是该组织的成员。307-311小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从当事人的谈话中，柯南得知他是龙舌兰酒的联系对象，是在电子游戏公司遇害的组织成员。最后，通过追查案情，柯南得到了该组织的线索——半仓的日记(提到该组织的庞大计划甚至可能“影响人类的未来，让时光倒流”)，得知了该组织的行踪，并试图冒充半仓和伏特加的接头人，但被琴酒识破而未果，差点被琴酒抓住。329-330阿笠博士提到，艾的父亲宫野厚司是一位著名的疯狂科学家，而他的母亲艾琳娜是一名英国学生，黑人组织可能正在从事一项复活死者的计划。335-336柯南和艾之后是赤井秀一。因为艾与照片中的人物相似，美国联邦调查局猜测她就是贝尔摩的目标。此外，赤井最后还对艾的照片说“太像了”，暗示他和艾以前就认识。338-339 340-341我因为感冒难过，在去医院的路上被打死了。我遇到了兰，渊源和朱迪，阿凯跟着我。案子结束后，医生借了朱迪的车送艾回家，又找了个新医生给艾看病。后来贝尔摩烧了艾的照片，表示找到了艾，还在医生家里装了窃听器。医生在父亲去世前带着柯南和艾去拜访父亲的朋友兼设计师，想多了解他一些。柯南在出岛时被害，还找到了艾妈妈留下的录音带，是艾姐姐管理藏在设计院的，里面提到了一些很神奇的东西。随后贝尔莫尔打电话给该组织成员卡尔瓦多斯寻求帮助，并在策划一次行动。343-344朱迪辞去了迪丹高中的教师职务。当兰和渊源去朱迪家聚会时，兰意外地发现了镜子后面的照片。345年，贝尔摩借鬼船活动之机，邀请了小五郎、新一、金，试图转移柯南的注意力，刺杀艾；朱迪得知了这个计划，先带走了艾，并试图把贝尔莫尔引入陷阱，但贝尔莫尔却制定了一个计划。另一方面，柯南邀请服部平次乔装打扮去参加聚会，并在母亲佑希的帮助下化妆成丧，试图联系黑组织；我不放心柯南去跟着他；兰想知道朱蒂的真实身份，躲在朱蒂的汽车后备箱里，在最后一刻救了艾。贝尔摩拒绝向兰开枪，称她为天使，躲过了赤井的追击，把柯南和艾藏在琴酒里，而朱迪设法骗过了兰，柯南听到了贝尔摩给那位先生发邮件时的击键声。346-347海巴拉艾拒绝证人保护计划。361-362真正的新博士回归。374-375
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394-396山村操给他的祖母发了一条信息。开头的按键和Boss的邮箱地址很像，是鸟取县。后来柯南等人去了一个音乐世家后，得知击键的旋律是“七子”，于是推断出Boss的邮箱。柯南发现水无怜奈是该组织的成员，他与美国联邦调查局一起阻止了该组织的暗杀计划。水在手术中没有受伤，昏迷不醒。429年本堂瑛祐出现了。462-465贝尔摩去了水无怜奈一个事故目击者的家里，得到了柯南的注意；颖佑在《毛利侦探社》做客时有意无意地把话题引到了水无怜奈身上，希望柯南等人前去调查，这引起了柯南的警惕。贝尔摩询问了目击事故的孩子。黑衣组织加紧寻找水源，金第一次提到了在组织中卧底的人物(也就是两个堂兄弟的父亲伊森·本堂)。484-485柯南和海原爱进行了调查，得到了一张英佑父亲的照片。瀛友和水舞的身份越来越清晰。491-504颖友总是给柯南不好的感觉。他四处寻找他的妹妹瀛海，她长得和水武一模一样，但他们的血型不同。与此同时，黑人组织四处寻找水源。得到美国联邦调查局帮助的水舞假装失去知觉。被嬴悠袭击后，她不得不说出自己的真实身份。原来水武是中情局的卧底，是应友的姐姐应海，两兄妹的父亲也是中情局的卧底，已经去世。水舞答应赤井秀一回到组织，但接到任务，并涉嫌杀害赤井秀一。507-508本堂瑛祐得知柯南的身份，并计划离开日本。509水无急报，组织派了厉害的波旁侦探。
一个名叫冲矢昴的新房客搬进了工藤新一的房子。海原爱对此有所反应。511柯南发现冲矢昴推理能力很强，是左撇子，爱喝波本威士忌。563-564年疑似赤井秀一的刀疤男出现并枪杀了柯南。美国联邦调查局提到赤井秀一非常喜欢波旁威士忌。578-581刀疤一休再次出现，用别人的手机把发生在商场的案件推理发给了毛利小五郎。与此同时，商场里的老师朱迪收到了一张纸条“这里很危险，快跑”。Gin等人赶到，刀疤秀吉被盯上时诡异一笑，贝尔摩带来boss撤退的命令。616-621工藤新一第四次来到伦敦并康复，第一次向毛利兰正面表白；同时，工藤夫妇知道海原爱是APTX4869的开发者。646-651自称侦探的世良真纯现身，转学到迪丹高中；后来在《柯南平吉》的侦探对决中，朱迪和卡姆迈耶在看到世良的照片后说世良“像某个人”，而詹姆斯第一眼就看出世良是个女生。656-657年，石良在第一次看到医生上传的视频时，发现了医生眼镜上印着的海原爱的影子，并从严光和源泰打听了“医生家的小姑娘”(即海原爱)和她的邻居(即)的情况，可见她对足原很感兴趣。他对着冲矢昴的窗户说，“我还以为是谁刚搬进来，现在看来，真是杞人忧天……”最后，世良把视频中灰色平原的意外图像从电脑中删除了。667-668自称侦探的安世头出现了。事件解决后，他自愿成为小五郎的弟子。671-674冲矢昴脱口而出“不要露出那种表情”，这似乎让足原感到相当在意。
伯莫多给波旁打电话，同时，崇雅、世良、安石在接电话。波旁酒似乎是三种酒之一。从675年到676年，石良似乎一早就对新有所了解，他也对灰色的平原表现出了兴趣。石亮说，他认识一个“从来不笑的人”，在注意到刀疤一休的存在后，他非常关注它。
足原回忆说，冲矢的那句“不要露出那种表情”和一直在组织卧底的竹兴达(也就是赤井秀一)的用词很像。681-683安石头为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示两人是朋友关系。684-685足原的行动和他们的对话表明，冲矢的脖子里藏着一个秘密。690-691冲矢昴行动可疑。他虽然确认了脖子上没有什么异常，但也没有说话，等大家都走后，他拿出了之前藏起来的梳子。石亮在房间里发现了一条女性线索，于是崇雅对自己的真实身份产生了怀疑。后来，根据柯南的叙述，她得知“女性线索”很可能是工藤有希子留下的。冲矢昴得知柯南的真实身份。最后，世良含泪回头看了柯南和兰一眼，说:“果然，我是个坏孩子。”699-700年，石良向小兰询问她的车的颜色，假装在群马县与柯南见面，并试图让柯南通过手机与海原爱联系，而布美等人则被困在凶手放火的小屋中。阿莎拉服用APTX4869解药帮助大家逃生，暂时痊愈。在严光拍摄的视频中，石亮对宫野志保感到非常惊讶，这个视频也被安世头和冲矢昴通过网络看到。701-704黑组计划在神秘列车上杀死雪莉，但柯南委托基德假装获救。赤井确认为石良的大哥，安史确认为波旁。火车停下后，贝尔莫尔发现雪莉没有死，但没有告诉组织的其他成员。安石对赤井的死因有怀疑，准备重新调查。冲矢昴展示了和赤井秀一一样的眼睛。706麻醉室发现柯南使用麻醉针的动作。伯莫德劝安石离开毛利，但安石拒绝了，并表示对《沉睡的小五郎》感兴趣。723安石头将少年侦探队从危险中解救出来，冲矢昴透过楼上的窗户看着他离开。724-725石亮提到“神秘列车”上帽子丢失的事，问小兰有没有看到“刀疤阿凯”。727-728兰看着石梁奔跑的背影，忍不住说了一句“浪”，说“她看着石梁奔跑的背影，耳畔总会响起海浪荡漾的声音”。柯南悄悄走出来:“你是不是在哪里见过我？”但石亮没有直接回答，心想:“对不起，我现在不能告诉你，因为还不到时候……”柯南告诉朱迪，刀疤阿凯在冒充波旁，要她调查安士不离开波洛咖啡馆的原因。波旁窃听了柯南和朱迪的对话，称柯南为“可怕的男人”。(限于词条字数，后续主线剧情详见参考资料。)