区别有，建设学科数量不同。
1、建设学科数量不同：第一轮双一流中工学门类最多，涉及35门学科，其中材料科学与工程是参与度最高的学科，有30所高校加入建设，其次是理学门类，共有16门学科，其中化学学科的建设数量略有减少，而第二轮双一流新增了交叉学科，特别是集成电路科学与工程等新兴交叉学科，表示将加强对这些领域的支持，增加财政资金投入。
2、双一流指世界一流大学建设高校和一流学科建设高校，简称“双一流”，双一流大学国内共有137所，其中一流大学建设高校42所，一流学科建设高校95所。在42所一流大学建设高校中，又分为A类36所，B类6所。