地宫里殉葬品里所有的有机物（像什么绫罗绸缎啊、名人字画啊之类的）都在第一时间迅速氧化腐烂，最后就是一些金饰珠宝保存下来，从考古角度来看，这次发掘实在是鲁莽草率，损失重大。当时因为技术水平的落后，对于挖掘皇陵这样重大的事情，很多人都是反对的，虽然不是封建迷信的说法，但是皇帝的陵墓贸然挖掘有失妥当。
而后，定陵还是被挖掘出来了。大家都知道，皇帝的陵墓里面肯定是有无数的宝物的，万历皇帝陵墓里自然也是不少的宝物。最后发掘出29个满载金银珠宝的红色大木箱，里面的文物加起来达到了2600多件，还有皇帝的金丝冠等价值难以估量的皇家专属宝物，另外还有在明朝时期珍贵的书画字卷等等。第一次挖掘皇帝陵墓就得到了如此丰盛的结果，让历史学家郭沫若信心满满，于是接连提出要挖掘秦始皇和武则天陵墓的请求，对此还做了一番准备。
但是都被一一否决了，原因也很简单，因为在这种不成熟的条件下挖掘皇陵，造成的后果非常严重，哪些金银玉器可能在几百年的岁月中还能维持原样，但是那些书画字卷，被发掘出以后，就有了很大的损坏，而这些字画类的文物无论是经济还是历史文化价值，往往都比金银玉器重要。万历帝的定陵被当做“牛鬼蛇神”批斗，万历皇帝及两位皇后的尸骨棺椁被毁。且由于当时人们文物保护意识不强和当时特定的历史时期，使定陵出土的大量丝织品未得到有效保护，迅速风化，因此，定陵的发掘也被认为是考古史上的一大悲剧。