连续不断推出世界性的科研成果，黄禹锡被不少韩国民众捧为领导韩国科技未来的重要人物，鲜花、掌声、荣誉不断飞来：2005年首尔大学国际干细胞研究中心成立，黄禹锡担任主任；韩国政府授予其“韩国最高科学家”荣誉；韩国政府向其研究小组提供数百亿韩元资金用于研究；黄禹锡不断出现在国内外各种学术会议和公开场合，成了一位韩国“国宝”级人物，甚至享受政府提供的保镖服务。
“黄禹锡神话”破灭始于2005年年底，韩国文化广播公司新闻节目《PD手册》报道黄禹锡在研究过程中“取用研究员的卵子”的丑闻。其后，该台被揭发编采人员在采访期间以威吓方式向研究员逼供。随后，他的研究小组成员指出2005年论文中有造假成分。首尔大学随后的调查证实，黄禹锡发表在《科学》杂志上的干细胞研究成果均属子虚乌有。黄禹锡“学术造假”丑闻令科学界震惊，他本人也名誉扫地。首尔大学解除了他的教授职务，韩国政府也取消了授予他的“最高科学家”称号。黄禹锡名誉扫地，韩国也为之蒙羞，但惟一让韩国人稍感欣慰的是，调查委员会确认，黄禹锡的主要“成果”之一、全球首只克隆狗“斯纳皮”并无造假成分。
韩国检察部门在2006年5月对黄禹锡提起诉讼，并于2009年8月份对黄禹锡提出诈骗、侵吞研究经费和非法买卖人体卵子违反《生命伦理法》等指控，要求法院判处其有期徒刑4年。
2009年10月26日，韩国法院当天进行了长达100分钟的宣判。判决称，黄禹锡不仅非法利用人体卵子，还以做假账等手段骗取、冒领经费达8.3亿韩元（1美元约合1180韩元），犯罪性质严重。法院同时认定，黄禹锡此前在美国《科学》杂志上发表的有关人体干细胞的研究论文部分造假事实成立。但法院考虑到黄禹锡本人在科研领域的贡献等几方面因素，决定对其处以缓刑。
针对检察部门对黄禹锡提出的诈骗指控，法院认定，黄禹锡从韩国SK财团和金融机构领取的20亿韩元研究经费并未违反《特定经济犯罪加重处罚法》，诈骗罪名不成立。法院当天还对黄禹锡科研小组的数名成员判处缓刑或处以罚金。
最终韩国首尔中央地方法院对历时3年多的黄禹锡案作出一审判决，以侵吞政府研究经费和非法买卖卵子罪，判处黄禹锡有期徒刑2年，缓期3年执行。