科长的级别高一些。
科长在公务员的行政等级内属于九至十三级，一般可以说为市级的下属单位，而股长属于基层的管理级别的骨干成员，只能说出是县级下属单位。
股长是最基层的管理骨干，公务员系列中，就设有股长这个职务级别。过去省军级，地师级，县团级。省市县下属都有局，但局的级别不一样。为区分局下面单位，省局下属是处，市局下属是科，县局下属是股。
科长通常是中层领导，掌握一定的权力和资源，主要负责部门的工作计划、组织实施、管理和督导等。而股长则属于科室中的助理级别，主要负责协助科长完成具体的工作任务，具体职责视部门而定。总体来说，科长比股长更有权力和责任。
编制分类
1、行政编制
公务员都是行政编制，这类编制是有级别的，如科员、科长、局级等等，也就是说公务员需要走行政级别。公务员，以前叫干部，指依法履行公职、纳入国家行政编制，国家财政负担工资福利的工作人员。这部分群体就国家财政负担，待遇最稳定。
2、事业编制
全额编制又叫全额财政拨款事业编制，参照公务员管理，基本待遇与公务员一致，多为一些公益性事业单位和部分具有行政执法职能的事业单位，如城管、学校、农技站等；差额事业编制，由财政进行差额拨款，待遇和收入在一定程度上挂钩，如医院和部分景点等。
3、公益性岗位
公益性岗位是指城市公共管理和涉及居民利益的非营利性的服务岗位，包括各级政府投资开发的城市公共管理中的公共设施维护、社区保安、保洁、保绿、停车看管等。各级机关事业单位的后勤服务岗位，以及适宜就业困难人员再就业的其他公益性岗位。