辛亥革命之后，黄兴先是担任南京留守，后又出任川汉铁路督办，直至1916年，黄兴又与蔡锷推动了反对袁世凯的护国运动。不幸的是，黄兴在1916年10月因病逝世，时年仅42岁。即使在袁世凯窃取革命成果，当上大总统之后，黄兴也可说是手握重兵，他以南京留守之职掌管着南方革命党人的军队。但没过多久，他就坚决辞职。
黄兴为何功未成而身先退?其实原因很简单：没钱。当时，无论北方袁世凯还是南方革命党人，都没有足够的资金。没有钱，就调不动军队也开不了战。担任南京留守一职的黄兴，因为没有资金，度日如年。黄兴尝试各种方式试图改善这种局面，但最终他仍然失败了。
南京乱象：
要钱的人挤破了门
1911年南京光复后，因为要推进“北伐”，南京城内外驻扎了各路军队。城内有浙军、沪军、光复军、铁血军、卫戍军等合计不下10万余众。若加上江苏境内及各地陆续开来的援军，则不下20万人。
时任南京临时卫戊司令兼第一独立混成旅旅长的许崇灏(许崇智之弟，原第九镇管带)回忆说：“南京光复后，号称师长者二十六人。情形极为混杂，名虽曰师，而兵不过千人或数百人而已。此等师长皆自称革命有功者，终日奔走于南京留守之门，要索饷械，无所不在，甚至彼此利用种种手段，勾引他人之营连长投编所属，以期巩固自身之地位。而为营连长者，每有朝秦暮楚以求升官发财之目的，革命精神扫地无遗矣。”
20万义军云集金陵，这固然是革命大义的感召。但是，革命将士毕竟不是神仙，他们也要吃饭穿衣、要发饷、要武器还有各种日常的补给。这每天下来，维持费不是小数目，何况这些人所要的东西还远不止日常开支这么简单。
据革命党人李书城回忆，孙中山当选临时大总统的原因之一，就是众人认为他与外国关系好，能使革命 *** 获得承认并借得巨款而归，“但结果都成泡影，因而他们对孙先生多不谅解”。
没有钱，孙中山、黄兴等人在南京的日子简直度日如年。被提名为实业部长的张謇，最初把解决财政困难的希望寄托在孙中山身上，谓孙先生“久在外洋，信用素著”，如能募集外债一万万两或至少五千万两以上，那么临时 *** 的问题将迎刃而解。但是，借债并非易事，孙中山四处奔走，不遗余力，但直到临时 *** 解散，仍旧一无所获。
据查，民国临时 *** 财政部3月份支出975万元，其中陆军部即支出893元，占到了总支出的绝大部分。由于财政困难，革命军中普遍拖饷缺饷，每天来陆军部要钱的少则十几起，多则几十起。作为陆军总长的黄兴，这段时间可谓焦头烂额，每日疲于应付。据其子黄一欧回忆：“先君担任陆军总长、参谋总长兼大本营兵站监督，发军饷、买军火都要钱，因为军饷没有着落，经常奔走于南京、上海间，累得吐了血。想通过张謇设法向上海借几十万应急，他一拖就是个把月，急得先君走投无路。”
财政危机：
临时 *** 面临瓦解
为缓解经济上的困窘，孙中山等人也想了很多办法，如发行军需公债、发动南洋侨民捐款、向外国银行借款等，但筹集的经费杯水车薪，到手即尽。1912年1月8日，临时 *** 发行1亿元军需公债，但结果并不理想，总***才募得500万元，其中还有不少是来自美洲及东南亚华侨的支持。之后，临时 *** 又发行100万军用钞票，但因没有担保，商人不惜以罢市相拒绝，而轮船招商局、汉冶萍等借款也都无功而返。
此时的南京，城内外到处都是骚动的士兵，他们成群结队，嚷着要发放欠饷，几有哗变之势。私下里，孙中山曾无奈地承认：倘若数日之内无足够的资金以解燃眉之急，则军队恐将解散，而革命 *** 也将面临瓦解之命运。胡汉民也说，当时的革命 *** ，“军队不堪战斗，乏饷又虑哗溃”，随时有兵变的可能。身为陆军总长的黄兴甚至自称：和议若不成，自度不能下动员令，唯有割腹以谢天下!
南北和议进行之时，黄兴曾对率桂军来援的革命党人耿毅说：“我何尝不想北伐扫荡虏廷，直捣黄龙。但附和革命者，不是盘踞地方，就是拥兵自卫，只求目前名利，不计将来祸患，有的甚至还与袁世凯暗通声气。黎元洪本非革命者，我若过于强制，他即与袁世凯单独媾和。大势如此，我何能独持异议。孙大总统初回国，尚不知其中内容，责我过于软弱，我只好忍受。”时为黄兴参谋长的李书城对此也颇有同感，他列举了七八个都督和民军将领，认为革命军一旦与袁开战，“他们很可能反戈相向”。
留守难守：
裁军最大难题是没钱
1912年3月，南京临时 *** 解散，临时参议院北迁。参议院众人北上之后，南京的问题依然没有解决，因为各路革命军并不能随同北上。而和议告成后，南方军队在军事上已无用武之处，他们的数量是如此庞大，已大大超过各省财政所能承受的范围。
对此，革命党人自办的报纸《民立报》也痛加批评说：“江南各地到处都是兵!军官的数量多如牛毛!陆军部不但不知道这些兵够不够用，就连有多少兵也不清楚!调查也没有办法，遣散也没有办法，要编制这些军队，又不好编这个不编那个。”军队要求发饷，陆军部又不敢不答应。
革命军一日不去，南方局势即一日不宁，其遗留问题让袁世凯很是头疼。袁世凯考虑再三后，认为解铃还须系铃人，把这个重担留给了黄兴。于是，在唐绍仪内阁成立后，袁世凯同时发布命令，委任黄兴为“南京留守”，其目的就是要借黄兴之手来处理南方革命军的裁撤问题。毫无疑问，这职位是个烫手的山芋。
黄兴是个忠厚人，他很爽快地接受了任命并通电称：“两江一带军队，维持整理刻不容缓。兴纵怀归隐之志，也断不敢置经手未完事宜于不顾，以负我军界同胞。”4月6日，黄兴正式就任，留在南京处理各省革命军的裁撤与遣散事宜。
很不地道的是，袁世凯给了黄兴维持与整理革命军的权力，但没有给予相应的财政支持。无奈之下，黄兴也只能以“爱国”为号召，鼓励军人们自动离职，***济时艰。这样说固然很容易，真做起来却是非常困难——在没有得到合理的补偿前，谁会轻易放下手中的武装呢?
想当年，李自成农民军推翻明廷，集结在京的大顺义军有40万人。胜利之后，这些人很快变质，“贼将各踞巨室，藉没子女为乐”。当时有人提醒主将刘宗敏，说这样下去会激起民变，刘宗敏却直截了当的答道：此时只忧兵变，民何足言!军兴日费万金，安所取给?
鼎革之际，军饷的匮乏令北洋军兵变频发，革命军也同样因为欠饷而发生了多起兵变。黄兴的主要任务是裁军，最大的难题是没钱，没钱不能维持军队而且还要将之廉价遣散，这引起了部分革命军将士的强烈不满。
突发事件：
叛军深夜兵变
据与黄兴并肩战斗的革命党人李书城回忆：南京留守府最困难时，不得已将军队伙食从干饭改为稀粥，以后连稀粥也不能维持，乃将南京城的小火车向上海日商抵借二十万，暂维现状。某夜，江西军俞应麓所部突然哗变，在南京城内肆行抢劫，经请广西军王芝祥军长派队弹压，到天晓才平定。除由军法处将证据确凿的犯兵予以惩处外，其余均遣送回籍。
李书城说的这场兵变发生在4月11日晚，参加哗变的部队主要是赣军第七师(师长俞应麓)第十四旅(旅长邓文辉)所辖的第二十七、二十八团，其所属两千多人趁黄兴赴上海筹饷之际突然发动兵变，叛军冲出营房后，在白门桥、太平桥一带大肆抢劫商店并滥杀无辜。
事变发生后，南京留守府总务处长何成濬以副官长名义调城外驻军王芝祥部入城戡乱。至次日早上，哗变基本平息。与李书城的轻描淡写所不同的是，这次兵变后的处理极其残酷，当夜击毙除外，事后处死的革命军士兵高达七八百人之多，其中大多不经军法审判，有些甚至只要是该旅官兵，即被拉到留守府后面的水塘中枪决。
得此消息后，黄兴急忙坐夜车往回赶。但等他回到南京时，天色已亮，兵变也已被残酷镇压。对此，黄兴何尝不感到负疚万分：当时南京的一些革命军不仅拖欠军饷，而且供应极其微薄，有的部队甚至连饭都吃不饱。
事后，黄兴致电袁世凯：南京局势危急万分，不但各军积欠饷项无从发给，即目前伙食已无法支持。告急之声，不绝于耳。似此情形，一两日内必有绝大险象。两日后，黄兴再发一电：此间军队伙食已数日不能发给，今日有数处竟日仅一粥，每日索饷者门为之塞。危险情形， *** 一日。加以急报密陈，日必数十至。哗溃之势，已渐发端。二日内倘再无款救宁，大乱立至。
对此，袁世凯却是置若罔闻。因为当时袁世凯也没钱。当然，即便是他有钱，袁世凯也不会给革命党。在袁世凯看来，他就是要把黄兴放在火上烤，要看革命党人的笑话!
裁撤军队：
黄兴身心憔悴
在这样困难的情况下，黄兴费尽九牛二虎之力，最终将驻扎在南京苏皖地区的北伐军队缩编成5个军：第一军(镇军)，军长柏文蔚，后出任安徽都督而将所部带去安徽;第二军(扬军)，军长徐宝山，所部归中央直辖;第三军(桂军)，军长王芝祥，所部多遣返广西;第四军(粤军)，军长姚雨平，其部队由广东新军组成，其中一部分遣返广东，其他大多就地解散;第五军(浙军)，军长朱瑞，后出任浙江都督而将所部带回浙江。
《泰晤士报》记者福来萨曾说，任“南京留守”时的黄兴，其地位“相当于一身而兼六个总督”，“统治着大约四分之一的中国”。因而，有不少人认为，黄兴当时统辖南方各军，掌握有数十万军队，实可与北洋军相抗衡。革命党人居正也说：同盟会骨子里，总统虽退，而有留守保持此势力。假以时日，整理就绪，则袁氏虽狡，终有所忌惮而不敢别有异图。
表面上看，革命军似乎有乐观的理由，但胡汉民则对此持悲观态度。他认为，南京军队号称17师，实则只有粤军、浙军有战斗力，粤军当时驻于徐州与张勋所部对峙，而浙军将领一向反对黄兴，不受命令;其他各部，不啻于乌合之众，决不能应敌。
赣军兵变后，黄兴加快了裁军步伐，但其间究竟裁兵多少，因革命军本身即不稳定，很难拿出准确的数据。据事后估算，有说裁军20万的，也有说整个南方(江苏、湖南、江西、广东、安徽、福建六省)***裁去27师36万的，不一而足。
作为特例的是，留守府即将结束之时，黄兴为保存革命实力而将革命军中的优秀军官重编一师，这支部队从师长以下至营连长，大都为同盟会籍的日本士官生和保定军校生，枪械也都为双份。这就是1913年“二次革命”中发挥重要作用的第八师。但是，黄兴在号召其他部队自行遣散的同时又为第八师招募骨干与士兵，这种做法引起了革命军中的混乱与被裁人士的不满，最后被迫停止。由此，第八师的整编质量大为下降。
在裁兵事务尚未完全结束时，其不顾同盟会激烈派的反对而向袁世凯一再要求辞去南京留守府的职位，去意甚决。因为，整理裁撤军队的任务确实让黄兴感到身心憔悴，已是不堪重负。
辞去留守：
淡泊名利无官一身轻
1912年5月13日，黄兴致电袁世凯请求撤消南京留守府。对此结果，袁世凯早已料到，事实上，他就是要通过这种手段来消磨革命党人的斗志。因此，黄兴提出辞职后，袁世凯仍旧刻意挽留。直到5月31日，江苏都督程德全答应接手南京留守府，袁世凯才批准了黄兴的辞职。半个月后，黄兴发表解职通电、告将士书及解职布告，之后悄然离开南京。
卸任后，黄兴如释重负，革命党人也多有理解。章士钊在《民立报》上发表社评《论黄留守》，其中评价甚高：黄兴本一书生，以战术绝人誉之，此诚阿附之言;然其能以死报国，义勇盖天下，神人之所***信。黄兴本一武夫(此与书生之谊并行不悖)，于政情法理，研求或不深……至其心地之光明磊落，其不失为一明道之君子，记者梦寐之间，未或疑之。
黄兴一生淡泊名利，其座右铭是“名不必自我成，功不必自我立，功成亦不居”，堪称革命党人中的道德楷模，人品亦有口皆碑。胡汉民曾评价说，黄兴“雄健不可一世，而处世接物，则虚衷缜密……事无大小，辄曰‘慢慢细细’(长沙俗语，大意是从容不迫)”。章士钊自称弱冠以来交友遍天下，最易交的朋友就是黄兴，“无争”之外，“一切任劳怨而不辞”。
当年9月，黄兴返回阔别多年的家乡湖南，途中正值他39岁生日。在饱览了祖国的大好河山后，黄兴回想起这十几年的革命生涯，他不禁感慨万千，并赋诗一首：
卅九年知四十非，大风歌好不如归;惊人事业如流水，爱我园林想落晖。
入夜鱼龙都寂寂，故山猿鹤正依依;苍茫独立无端感，时有清风振我衣。
此时的黄兴，将届不惑之年，对他来说，之前的革命事业已成昨日烟云。在经过多年居无定所、漂流海外的生活后，如今民国新立，黄兴萌生出功成名就的退意，也属情理之中。
不过，激烈派却对孙、黄等人功成身退的想法感到大惑不解。在孙中山、黄兴北上与袁世凯会谈后，革命元老谭人凤大发感慨：“以前有人写诗，说‘周公恐惧流言日，王莽谦恭下士时’，这两句正好应该送给孙、黄二人，不过一番款洽，竟然就中了袁世凯的圈套。孙中山还说什么愿袁世凯为十年总统的胡话，就连黄兴也立刻改变了论调，难道袁世凯真的有魔力吗?这些人怎么会被他玩弄于股掌之间而不悟呢?真是奇哉怪也!”
其实，世上没有无缘无故的爱，也没有无缘无故的恨。黄兴为何辞去南京留守一职，想来读者心中已有答案。
黄兴本以为革命已经成功，可以投身于实业之中，遂出任川汉铁路督办一职。1912年8月，他在《铁道杂志序》中写道：“今者***和成立，欲苏民困，厚国力，舍实业末由。”主张“先以铁道为救亡之策，急起直追，以步先进诸国后尘，则实业庶几兴勃也乎!”可惜的是，由于政局的动荡和变化，他本人又不得不投身于二次革命与护国运动，并英年早逝，以至于其发展实业和教育的主张大都未能实现。