《政治经济学及赋税原理》的发表，使李嘉图成为一流经济学，并成为以他为核心的学术团体的宗师。
这时，穆勒与李嘉图的关系发生了转变，由以李嘉图为学生和穆勒为教师的师生关系发展为以李嘉图为导师和以穆勒等人为信徒的门徒关系。穆勒就自称他和麦克库洛赫是李嘉图的两个而且是仅有的两个地地道道的信徒。
为了传播李嘉图的思想，1821年，穆勒出版了《政治经济学原理》，第一次系统阐述李嘉图的理论。对李嘉图的学术崇拜阻碍了穆勒对科学的探讨和对真理的追求。
李嘉图体系存在两个其自身无法克服的矛盾：劳动价值论与劳动和资本相交换的矛盾；劳动价值论同等量资本获取等量利润的矛盾。
19世纪二十年代，李嘉图体系遭到了马尔萨斯和贝利的猛烈攻击。在李嘉图去世后，作为李嘉图学说的坚定信仰者和继承者，怀着对李嘉图及其学说的深厚感情，穆勒担当起为李嘉图学说辩护的责任。但是，基于信仰而不是科学的辩护注定是缺乏力量的，放弃了科学实际上就是选择了失败。在对第一个矛盾的解释中，穆勒混淆了劳动和劳动力，实际上是取消了李嘉图一贯坚持的劳动价值论；而在对第二个矛盾的解释中，穆勒关于新葡萄酒和陈葡萄酒的解释最终成为学说史上的一个笑话。穆勒的解释丝毫没有解决李嘉图体系的矛盾，反而将李嘉图学说庸俗化，并最终导致了李嘉图体系的解体。