贝克特最早创作的小说是《平庸女人的美梦》，但没有完成。接着他写了几篇短篇小说，后来收入《刺多踢少》于1929年出版。这部短篇小说集仅仅因为书名就遭到不止一家出版商的拒绝，因为他们没有意识到标题出自于《圣经》。贝克特的幽默在这些短篇中初露锋芒，同时也表现出他驾驭语言的能力，他用精心选取的意义、隐晦的词语，代替了冗长的现实主义描写。
在回到爱尔兰照料父亲的时候，贝克特开始创作他的第一部出色的小说《莫尔菲》，但此书被拒绝42次之后才于1938年找到一家出版商出版。这是个晦涩滑稽的故事，描写一个无法就业的爱尔兰人如何躲避工作，又如何卷入了一场爱情纠葛。《莫尔菲》暗示着即将成为贝克特自己的那种痛苦孤立的世界景象，但作者却把它掩盖在欢快滑稽的复杂情节之中——三角 (或四角)恋爱，对都柏林社会底层游手好闲之辈浪漫传奇般的描写，以及穿插的教育小说成分(尽管读者开始见到小说主人公莫尔菲时他已完全长大成人，但他却把自己缚在摇椅上，试图把自己摇入被人忘却的世界)。文学史家将这部著作和乔伊斯的《尤利西斯》一并归入爱尔兰的城市史诗之列。
贝克特于1937年返回巴黎，但他的文学生涯(他正靠撰写文学评论谋生)却因德国占领而告中断。他在为地下组织工作期间写成了《瓦特》，这是一部关于准数学置换与复合的散文体论文，综合了十几个哲学前提。一些有识之士试图通过五种感官把难以捉摸的混乱现实组织起来，而《瓦特》则是贝克特将这种复杂过程小说化的最成功的尝试。作品从书名中的双关语 [瓦特(Watt)是另一个名叫诺特(Knott)的人物所用的名字。Watt与what (什么)同音，Knott与not(不)同音。)开始，通过一系列感觉可能性的迷宫 (其中有六页篇幅描写委员会成员之间交换眼色)，直到最后经常引用的附录(“无人索查的地方没有符号标记”)，通篇是一项规模大得可怕的语言游戏。
经历过战争的混乱以后，贝克特于1946年开始创作第一部法语小说《梅西埃与卡米埃》(1970年)，翌年开始创作第一部戏剧《埃留提里乌斯信徒》。在今天看来，这两部作品只是随后十年奇迹般的文学戏剧创作的预习。在随后十年当中，他出版了三部曲巨著《马洛伊》、《马洛纳正在死去》和《无名的人》，他的剧本《等待戈多》和《结局》(1956年)也得到出版、翻译和公演，而且他还自己动手把这些作品译成了英语。这些作品奠定了他荣获诺贝尔文学奖的基础，但却使十几部类似的作品黯然失色，虽然一个次要作家有了这十几部作品，一定会功成名就。