2000年,一支科学考察队在南极对被称为“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行了研究。在接触实验中,“光之巨人”释放出巨大的能量和强大的反AT力场,导致了第二次撞击。最后,人类人口减半,地轴偏转,气候变化。根据对“第二次休克”的调查,联合国在箱根町成立了人工进化研究所(GEHIRN)来研究EVA的发展。之后,GEHIRN利用在人工进化研究所下面发现的巨大洞口建造了总部。另一方面,联合国下属的秘密组织Seele为了让人类进化,开始实施人类完成计划,即通过中和每个人的at力场,把所有人的灵魂聚集在一起,让每个人回到LCL海。2004年,EVA horn启动测试时发生意外,Shinji Ikari的母亲碇唯失踪,公司实施了“原始版本的人类完成计划”。2010年,盖尔恩被重建为NERV。从2015开始,根据Seele人类完成计划脚本的安排,一个不知名的巨型生物“使徒”开始登陆日本并攻击NERV总部,NERV组织伊娃消灭使徒。Shinji Ikari被他的父亲召回去按喇叭,并见到了绫波丽和其他人。当NERV与使徒们战斗的时候,袁媛秘密地实施了他自己的计划。随着时间的推移,停泊的计划逐渐被Seele发现,NERV与Seele的矛盾日益恶化。这个矛盾在电视版中并没有得到解决。在戏剧版本中,NERV和瑟尔之间的矛盾加剧了。Seele错误地声称NERV试图引发第三次冲击,并挑衅联合国派遣部队杀死NERV。联合国军占领NERV后,Seele启动了人类完成计划,全人类失去了物质形态和绝对境界,融为一体。而真嗣和明日香活了下来,成为了新一代人类的祖先...
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