漫画VOL58F8～VOL59F1 水无被接走后，Gin和"那个人"都很怀疑。为了证明Kir的忠诚，决定给她任务，并要求立即完成。这任务便是杀死赤井秀一！而Gin等人会通过无线电和针孔摄像机监视她的行动.。赤井接到水无的电话怀着信任的心情赶往接头地点。与她约好的水无果然举起了枪射向赤井右肺部，并应Gin要求爆了赤井的头，最后炸毁了赤井的车子……朱蒂看到车子被炸新闻，绝望的来到警局通过之前附着在柯南手机上的指纹与没有被炸毁的赤井的手指纹比较，而她失望的得到"指纹符合"的认证……柯南在拿回手机的时候，发现手机的序列号条型码改变了……但没有问茱蒂原因，朱蒂也没有告诉柯南赤井的消息。 漫画VOL59F11～VOL60F2 为了保护瑛佑，FBI决定对瑛佑施行证人保护计划，同灰原一样，瑛佑也拒绝了保护，但FBI仍然要暗中保护瑛佑。一天放学，柯南、兰、园子和瑛佑决定去KTV唱歌，柯南发现有人尾随他们，柯南认为是FBI保护瑛佑的，可没想到，在KTV中，尾随瑛佑的人被杀了……经过柯南的分析推理后，死者其实是诱拐犯。事件解决后，瑛佑和柯南单独走在一起，瑛佑表示要离开日本前往美国，并借提出要向兰表白套出了柯南的真实身份。 漫画VOL60F3～F5 柯南和FBI等从水无那里得知组织派出了新成员Bourbon。此时，少年侦探团接到一个同学的委托，调查其家中的一个有着奇怪举动的租客。第二天，少年侦探团来到博士家附近的公寓，不料公寓发生了火灾。警察随即调查三个嫌疑人，而此时哀感觉到他们中有组织的同伴……事情解决后，嫌疑人中有位叫冲矢昴的研究生通过少年侦探团认识了博士并提出合住的想法，但哀不同意。此时柯南却主动提出让冲矢昴住进自己的家中！ 漫画FILE638～FILE640 照例去新一家打扫的兰和园子，和暂住在那里的研究生冲矢昴相遇，兰因误会冲矢是小偷而给了冲矢一脚，在柯南的解释下得以明白事情原委。园子看冲矢头脑聪明，提出让他和新一就时下的纸飞机事件进行一场推理对决。结果，两人都判断出纸飞机里隐藏着求救信号，在新一的帮助下，兰成功地救出了人质！事后，冲矢正在享受着Bourbon酒……同样拥有优秀推理能力的冲矢会不会就是组织派出的新成员Bourbon呢？
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