通过现代基因分析，日本人主要有两个分支，一个是来自西南岛屿地区的绳文人，他们通过朝鲜半岛到达日本。另一个是从东北亚进入日本的弥生。根据DNA检测，今天的日本人是绳文人和弥生人的混血儿，其中弥生人的基因略占多数，也就是说，相当一部分日本人的祖先来自东亚大陆，他们可能与汉人有着相同的祖先。
从亚洲大陆到日本的最短路线是取道朝鲜半岛，穿过马海峡，进入日本。目前可以肯定的是，日本人和韩国人关系密切。今天日本人Y染色体DNA中高比例的单体型组O-M176和一定比例的单体型组C-M130与韩国人高度一致，足以说明日本人与韩国人的血缘关系。然而，这种基因在汉族中并不常见。通过基因牢固度，日中之间的文化交流比基因交流还多。
当然，进入文明时代后，很多中原人去了日本，日本称这些来自中原的汉人为渡口人。如日本新成文的《姓氏志》中记载，西晋末年，前汉皇室后裔刘为了避难，随家人移民日本。今天日本人管刘叫什么？认识主吗？现代日本的许多姓氏都来源于刘。
就像《头文字D》中的高桥凉介，虽然他只是一个卡通人物，但是？高桥？这个姓氏起源于刘。另外，日本著名的束手束脚家族在战国时期就自称是秦始皇的后代。据说长宗家族是秦始皇15孙龚玥的后代。直到今天，日本还有很多姓秦的人。
(日本著名的战国武将？长宗我部元亲)但是，这些移民的数量相对较少，不会改变日本的人口结构，但是这些来自东亚大陆的移民给日本带来了先进的文化。比如日本的和服就是由摆渡人从江浙传入的。因为江浙在春秋战国时期属于吴国，所以日本称之为汉人穿的衣服？五福？直到明治维新后才改名？和服？。
此外，关于崔福杜东是否已经抵达日本，目前还没有确切的证据。关于崔馥抵日的传闻，最早出现在北宋时期。当时中国对日本比较了解，知道东海以东有一个岛国，所以他把垂夫杜东的到来和日本联系起来。徐福是齐国的江湖骗子，但我感觉他是个江湖骗子。这个人最早见于司马迁的《史记》，但在《史记》中，徐福有两个名字，在《史记》？秦始皇的传记叫什么？许巍？，而在历史记载中呢？淮南衡山传叫什么？徐福？后人称之为徐福。
秦始皇统一天下后，徐福要求见始皇帝。他告诉秦始皇蓬莱有长生不老药。现在可以肯定的说，他是在忽悠秦始皇。不过当时古代皇帝一直梦想长生不老，所以赞助他出海。结果，垂夫第一次从海上回来，一无所有。当然，找到仙丹是正常的，但找到了就不正常了。面对秦始皇的质问，徐福辩解说有大鱼挡路，于是秦始皇派了一艘大船和一个射手出海去猎大鱼，徐福就硬着头皮第二次出海了。
第二次出海后徐福没有回来，因为他回不来了，而秦始皇又不是傻子。你三番两次失败，原来是在戏弄皇上！徐福若再敢回来，他的脑袋肯定没了。徐福在第二次出海后肯定会寻找陆地。据史料记载，他找到了？广泽平原？，至于吗？广泽平原？它在哪里？这个还是有争议的。而且因为这一次圌府一去不复返了，司马迁怎么知道圌府到了呢？广泽平原？什么事？这个也不清楚。
但如果徐福找到了陆地，他最有可能看到的陆地不是日本列岛，而是朝鲜半岛。因为徐福是从山东出发的，而山东半岛正对着朝鲜半岛，如果徐福开车直线东进，最大的概率是到达今天的韩国，去日本列岛需要绕道。
(图中蓝色的路线是徐福东穿越时假设的路线。)一般来说，日本人的起源早就从遗传学的角度得到了证实。日本人和日本人真的没有太多血缘关系，只是因为文化原因，中国和中国都在推崇徐福，但是徐福离开大秦后去了哪里？现在没人知道了。