001过山车杀人案，青梅竹马的心怡和毛利兰去多洛比加游乐园玩，在坐过山车的时候被杀害。
成功破案后，心怡跟踪到两名神秘黑衣男子，并目睹了黑衣男子进行现金交易的场景。正当他全神贯注的时候，没想到，另一名黑衣男子突然从后面出现，将他打倒在地，并泼下了该组织新研制的毒药。辛屹觉得自己的骨头都要裂了。。。
002董事长女儿被绑架案被警方惊醒后，心怡发现自己的身体已经退化成了童年。新一在家里见到了阿笠博士，并让他相信自己是一个更小的新一。为了隐瞒新一还活着的事实，也为了不连累周围的人，新一听从了医生的建议，决定匿名。为了得到黑组织的信息，柯南把小兰的父亲当成了侦探，住在小兰家里寄养。此后，柯南一直潜伏在毛利办公室，一边帮助毛利破案，一边搜寻涉黑组织的线索。
005新干线爆炸，柯南在火车上遇到两个黑衣人，阻止了他们引爆新干线列车杀人，并成功得知他们的代号——杜松子酒和伏特加(动画与漫画情节相比有所变化)。
013离奇命案，该组织成员宫野明美(化名广田亚米)策划了一场价值十亿美元的抢劫，以帮助妹妹宫野志保脱离该组织，但在得手后不幸被琴酒射杀。她临死前向柯南透露，那是一个笼罩在浓雾中的庞大组织，组织的颜色是黑色的。
043年，柯南在江户川被绑架，新一的父母从医生那里得知事情变小了，他的母亲伪装成江户川·戴文，父亲伪装成暗夜公爵，假扮成黑暗组织的成员和柯南开玩笑。
054电子游戏公司谋杀案，柯南在参加满天堂游戏公司新作发布会时，偶然听到黑组织成员之一的龙舌兰酒叫伏特加。然而龙舌兰酒马上就被误杀了。
128黑暗组织10亿元的抢劫案，因为改编了漫画对应的“013怪杀亲”，所以动画在这里加了一集，叙述了足原君的姐姐宫野明美被琴酒杀死的情节，为后来足原君的出现做了铺垫。从金和宫野明美的对话中，我们知道宫野志保是组织中为数不多的有脑子的人，这和她姐姐只是组织小卒不同。
第二阶段:两个黑衣女人！月圆之夜的推理对抗
129一个来自黑暗组织的女子大学教授参与了这起谋杀案。宫野志保，其组织代码是雪莉，抗议她的姐姐被杀害，以阻止对APTX4869的研究，并被囚禁在毒气室。绝望的她拿着隐藏的APTX4869想自杀。没想到的是，她和新一一样，没有中毒身体萎缩成小时候的样子，还能从垃圾通道逃出来。
虽然隐藏了两个灰原，但组织并没有放弃寻找叛徒的努力，柯南和灰原从此卷入了组织调查和反侦察的大戏中。不过，足原似乎没有透露更多关于该组织的信息。此时，她对组织感到极度恐惧。
130-131竞技场内没有发生胁迫事件。剧情本身与组织无关，但阿沙拉的话暗示着组织有一个庞大的计划，这个计划在半个世纪前就开始了，但具体是什么却不得而知，柯南也陷入了这个计划。
170-171在黑暗的角落里，新出智明的父亲被继母杀害，小五郎在柯南的帮助下破案。乍一看，与主线无关，但随后的剧情表明，这是青山两年来的一大伏笔，也是三方对决前真正的新出智明唯一一次亮相。为了保护无辜的女佣，警方修改了案件的记录，隐瞒了真正的作案手法，只有真正的新人知道，后来被朱迪用来指证贝尔摩是新出智明。
176-178与黑暗组织告别，柯南和芦原意外发现GIN的车停在路边，于是柯南在车上安装了发射器和{mod}来获取组织的信息。虽然他得知黑组织成员之一的皮斯科将在河口酒店刺杀议员吞口，但{mod}被琴酒发现并销毁，他还通过留在车上的棕色。
柯南和足原潜入宴会阻止暗杀计划，但他们没有时间，足原不幸被皮斯科抓住并绑架囚禁在酒窖里。
柯南一方面利用警察拖住嫌疑人皮斯科，另一方面提醒足原白喝，为雪利酒逃出壁炉成功挽回。
没想到的是，GIN在楼顶等着他，向SHERRY开枪。就在这个关键时刻，柯南带着变声器出现，用麻醉针打死了金妮。雪莉得以趁机从烟囱逃出，回到灰烬中。
皮斯科也来到酒窖杀死了足原，但柯南暴露了自己的身份。结果皮斯科被杜松子酒灭口了，死前还没来得及说出足原= =雪利酒的秘密。琴酒在与柯南的对抗中被麻醉针打伤，雪莉也被发现有骑士保护。
188-193危急生命复活。柯南吃了足原研制的解药后，短暂变回新一，扮成黑骑士去见兰。
222-224导致死亡的人鱼传说，剧情本身与主线无关，但在这个宣扬长生不老的人鱼岛上，宫野志保的名字居然在签约名单上，暗示APTX4869不是简单的毒药，它的研究无疑与长生不老有着千丝万缕的联系。
在226-227格斗游戏的陷阱中，朱迪遇到了柯南，并注意到他在花园的帮助下破案。于是，她发现柯南不简单，临走的时候在抄照片的家伙里给柯南抄了苦艾酒的名字。
230-231，一个粉丝般的乘客，一个年轻的侦探团队，一个医生，在公交车上遇到了一起去美术馆的朱迪和辛楚。这时，艾感觉到公交车上有组织的成员变得非常害怕，后来公交车被劫匪劫持。虽然在大家的努力下最终抓住了劫匪，但艾待在快要爆炸的车里寻死，最终被柯南救了出来。
233不能消失。柯南和足原回忆起那天的公交车事件。足原很担心，但是柯南肯定说她的身份没有暴露，因为像足原可以感觉到组织成员一样，侦探也有感觉到杀人的能力。
242元的灾难，剧情本身与主线无关，结尾提到琴酒是左撇子。
253-254这个大厅里的犯罪爱情故事ⅳ。当佐藤警官去与白鸟相亲时，柯南成功阻止了新竹假扮高木，并发现他的演技高超。秀吉看着苦艾酒，小兰一看到就觉得似曾相识。
来自芝加哥的258-259人。柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”。后来被误认为名人，被绑架了。事实上，他是在玩游戏，并尝试柯南的技能。柯南破解了熊猫车的密码，救出了布莱克。
最后布莱克甚至称柯南为酷哥，可见他和朱迪是一伙的。
赤井在接布莱克的时候说自己被爱人甩了，所以把头发剪短了。赤井在开车的时候被柯南和足原看了一眼，足原有了奇怪的反应。
情人节的真相266年到268年，有人看到京极真戴着黑色针织帽，柯南以为是赤井，非常紧张。小兰说她可能认识这个戴黑色针织帽的男人，这引起了柯南的注意。
269-270犯罪纪念品，视频杀人案被破获的时候，从高木那里得知，大巴劫持当天，毛利小五郎的相关档案被盗，然后被送回，暗示有人在调查他们，这让柯南相当紧张。
271-272匆忙掩饰疏忽，柯南再次在朱迪面前破案。苦艾酒给金酒发了邮件，提到了“藏了很久”的雪利酒，给的十字绣照片发了飞镖，还有柯南和兰的照片。
274-275鬼屋的真相，新出现在本集开头。剧情暗示他所有的仆人和亲戚都消失了，他说他去了青森。
277-278英语老师VS西方某著名侦探。医生得知毛利小五郎的相关档案被盗后被送回，于是邀请平姬帮助柯南。两人分析偷案卷的人是想引诱人出来，于是去朱迪的公寓探查，并要求医生在网上调查克里斯的信息。
双方接触过程中发生了一起命案。虽然案子破了，但是对朱迪的诱惑没有成功。
柯南最后说，除了朱迪，另外两个可疑人物应该是赤井和信吾。
279-280迷宫的黑暗，在柯南的要求下，医生查看了克里斯网站上的信息，发现她是已故美国明星莎伦·宾亚德的女儿。
284-285似曾相识中华街的雨中，286-288 NY事件，继前面蓝回忆的“戴黑针织帽的人”，叙述蓝发烧病倒时的金苹果事件。他还讲述了心怡与兰、莎伦的第一次相遇，以及他们对银发杀手的救命之恩。
最后提到真凶其实是被别人灭口的。后来才知道，假凶手是苦艾酒演的。这个计划原本是要把一休引出来杀掉，但是没有成功。
307-308没有留下声音的证据。小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从当事人的谈话中，柯南得知他是龙舌兰酒的联系对象，是在电子游戏公司遇害的组织成员。最后通过追查案情，柯南得到了组织的线索——板仓日记。
309-311联系了黑暗组织。在案件开始时，柯南和兰遇到了，阿凯说兰又哭了。
此外，柯南还得知了兰与赤井的相遇，并得知了赤井的身份。但柯南还是有些疑惑，想起了布莱克被绑架时艾对赤井的奇怪反应。
通过看板仓的日记，我知道黑组织委托他开发一个对人类有害的软件，但他最终没有完成。
柯南骗伏特加酒更改交易时间，试图伪装成板仓和伏特加酒的接头，从而获取他的指纹和行踪信息。没想到，就在他快要成功的时候，因为杜松子酒的突然出现而功亏一篑。柯南差点被发现，最后躲在储物柜里侥幸逃脱。
当柯南和艾最后离开的时候，赤井和艾在附近似乎互相有了感情。
312布偶感染夕阳，悼念第一次提到自己的人生经历。她提到她的父亲名叫宫野厚司，曾经是化学领域非常著名的科学家，但她被称为“被科学界流放的疯狂科学家”，她的母亲是一个非常神秘的女人。
两人一起在组织里研究“秘密药物”，但生下她后不久就去世了，据说是意外。
她还没懂事就被送到美国学习，回来继承父母的研究，说她的研究是一种可以操纵生死的神秘药物，是一种可怕的东西，它的价值是地球上任何人都无法理解的。
在《329》引发的友谊中，阿笠博士提到他认识艾的父亲宫野厚司，他善良有礼，不像任何“疯狂的科学家”，还提到他的妻子艾琳娜是一名英国学生。宫野教授从来没有提过他在研究什么。
335-336杜东开发院的秘密是Hiko回到日本，带着侦探队去杜东开发院看电影。在路上，习字和柯南发现他们被跟踪了。柯南认为跟踪者要么是冲着他来的，要么是冲着灰原来的，很可能是黑组织的人。
末了，赤井还拍了少年侦探队的照片，看着丧说太像了。
338-339 4保时捷，一开始柯南很奇怪的骗医生说新的不在家，后来不知名的医生找到新的给萧艾看病。末了，苦艾酒冷笑着用打火机点着了雪莉的照片，得意地自言自语道:“给你...你准备好了吗？”我来找你了！"
340-341藏在厕所里的秘密柯南、足原和博士来到足原父亲宫野博士工作的办公室，想得到一些关于黑组织的信息和足原父母的下落。结果，他们在厕所里发现了宫野明美母亲留下的带子。
足原找到了明美藏起来的带子，妈妈的脸浮出了水面，由此而来的是“地狱角”。18生日结束时她妈妈留下的话里应该提到了一件很神奇的事，但是青山没有解释。
末了，苦艾酒一边从机场出来一边讲电话。从对话中，我们得知她找到了一个叫卡尔瓦多斯省(苹果酒)的组织成员，这似乎是她下一步行动的重要部署。
在便利店343-344的剧情中，柯南发现了有人来工藤屋的痕迹，而且不是小兰。
朱迪老师突然辞去了在迪丹高中的英语老师的工作，说她想回美国。在欢送会上，小兰无意中在朱迪浴室的镜子后面发现了朱迪与柯南、足原等人的隐藏照片，不禁产生了怀疑。
345在月圆之夜直接对抗黑组织的二元推理。
柯南收到了一封来自苦艾酒的信，邀请新一参加化妆舞会，称他为江户川柯南！
柯南知道自己的身份暴露了，决定采取行动。他一方面邀请服部哲假扮新一参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉阿沙拉，假扮成她为自己的组织做准备。
来接他的不是苦艾酒的假新人，而是朱迪！事实证明，美国联邦调查局也有自己的计划。他们打算先去接格雷平原，引诱苦艾酒跟着他们去码头，然后逮捕他们。
朱迪暴露了苦艾酒既是克里斯·宾亚德又是莎伦·宾亚德，但当她叫她的同伴去逮捕苦艾酒时，她被埋伏的卡尔瓦多斯省打伤了。
原来苦艾酒更擅长下棋。她很久以前就知道了美国联邦调查局的逮捕计划，事先装扮成朱迪来到码头命令埋伏的美国联邦调查局特工撤退。
就在朱迪处境危险的时候，另一边的化妆部门在舞会上破案，扯下了伪装。柯南还撕下面具，用麻醉针控制了苦艾酒。柯南的策划终于笑到了最后。
但就在这个时候，情况突然发生了变化，担心柯南安危的阿沙拉突然用备用追踪眼镜发现了它，破坏了柯南的伟大计划。味美思趁机用麻醉针射杀柯南，并将手枪对准了阿沙拉！
就在局面失控的时候，小兰突然从朱迪的汽车后备箱里跳出来保护灰原，阿凯也及时出现，逼迫苦艾酒挟持柯南，逃离被告席。
就在味美思给BOSS发邮件报告的时候，他突然发现柯南有个发射器。原来柯南留了一手。他已经预料到当他找到阿修罗时，苦艾酒会向老板报告。
苦艾酒不得不承认放弃了雪利酒。为了避免暴露BOSS的邮箱地址和身份，味美思不得不使用催眠气体，并开枪自杀以保持清醒。在破坏了发射器后，他惊慌地逃离了现场。
346-347寻找屁股上的印记，案件最后一集结束。朱迪在被绑架的柯南和萧艾的帮助下隐藏了这场惊心动魄的对抗。经过布美等人的间接鼓励，艾终于鼓起勇气面对自己的命运，决定与黑暗组织作斗争，并拒绝了的证人保护计划。
361迪丹高中的闹鬼学校，贝尔摩的身份曝光后，为了不引起大家的注意，真正的新老师又回到学校上班了。
第三阶段:恶魔之声！银弹安魂曲
在371-372的无声路线上，柯南对冲绳事件中本山先生的手机按键产生了奇怪的反应。
375颗星星和香烟的暗号，还有鸟取县的村警给奶奶打电话那头的手机按键声，也让柯南产生了奇怪的反应。
385-387斯特拉迪瓦里的小提琴没有xx音。通过对前两个熟悉的电话按键的分析，柯南确认了组织头目的前四个邮箱地址与鸟取县的区号相同，都是0858。柯南问了有着绝对乐感的羽贺响辅后，得知这首曲子的曲子是《七个孩子》！
394怪屋历险记一开始，柯南分析黑组织通过儿歌记住了BOSS的邮箱地址，使其无法存储在手机中，并推断出黑组织BOSS的真实邮箱地址，被阿沙拉变成了潘多拉魔盒，却因无法深入而被海原Ai阻止。
425黑撞击！在组织魔掌触碰的那一刻，柯南因为忘记取回{mod}而发现了令人震惊的大秘密！原来，电视主持人水无怜奈也是黑人组织的成员。柯南偷听了她和金的暗杀计划，并成功阻止了他们。
不料琴酒发现水无鳎{mod}，小五郎却被他们怀疑，有生命危险。
幸运的是，一休及时出现，打伤了金，并把{mod}装置放到了美国联邦调查局上。
苦艾酒也再次保护了毛利等人。
代号为KIR的水无怜奈在手术中受伤昏迷，被美国联邦调查局送往Cuphouse中心医院控制。
此外，柯南得知布莱克也和美国联邦调查局在一起。
429-430回不到以前的两个人了。小兰的倒霉蛋同学应友出现在这个大厅里，眼神和水的不太像。他好像注意到柯南是通过毛利语破案的，这让柯南感到很不安，怀疑这个大厅的身份。
446-447封海洋之窗，本馆在刺探柯南，柯南怕本馆发现，不敢自己破案。
462黑色组织的阴影
一个年轻的目击者，一个孩子，目击了一个歌手被从桥上扔下来。这堂课用的是和水不一样的脉冲测谎仪，引起了柯南的怀疑。
463.黑色组织的阴影
奇怪的灯光，这个大厅几次试图提醒毛利等人没有水的东西来获取信息，但柯南看到了，改变了话题。
464黑色组织的阴影
神秘高额悬赏，本堂故意引诱毛利人注意到发生在一个孩子家里的奇怪事件。这个孩子目睹了水无怜奈受伤。他说，他的母亲在去世前曾与陌生的外国女性交谈，并询问水无怜奈的下落。
465.黑色组织的阴影
珍珠流星，当孩子要说是主持人水无怜奈从摩托车上摔下来的时候，柯南及时用一个蒙面超人把话题岔开了。柯南通过外国女性对孩子的回答“分泌者使女人成为女人”，推断这个女人是苦艾酒。
另外，金在本期节目中所说的水没有得到老板信任的事情，也说明她与一个叫的卧底之死有很大关系。
466形影不离的雪人，柯南一开始就推测组织已经知道了水无伤住院的事实，并分析黑暗组织不会对孩子进行报复，对本堂的真实身份非常困惑。
479 * *与服部平次在一起3天，柯南推测水月不可能杀了瀛友的亲人并改变了她的容貌，于是让服部哲调查水月年轻时在大阪发生的事情。
服部哲调查484-485的黑照下落无果，却意外查出了唐唐和他父亲在大阪的生活状况，因为英佑小时候曾经和父亲一起去过大阪的烧烤屋，他父亲和店长很合得来。然而，商店经理已经去世了，所以柯南，阿笠博士和足原决定去拜访住在东京的商店经理的孙子的房子，希望从他那里获得一些关于这个大厅和他父亲的信息。没想到的是，这位模型爱好者西郡的家中发生了一起盗窃案。成功解决后，柯南终于无意间看到了应佑拍摄的照片，并在照片中见到了应佑的父亲，得知应佑的父亲经常穿着黑色西装与外国人打交道，并在公司(=CIA)工作，还一度进入了黑组织。
491-494红黑的碰撞开始了，血缘关系绝对叫鬼土。兰和去医院看望他们的初中同学，见到了在医院捧着水的本英友，没有照片。他辩解说，他是在找和水很像的妹妹。为了弄清楚我们的姐姐到底是不是水武，兰找到了水武的超级粉丝，看了水武早期的视频，得知水武的血型是AB型，但是颖友用姐姐给她输过血的例子说明自己的血型和姐姐的血型都是O型，这让柯南明白了水武和颖友的姐姐并不是一个人。为了证明自己的血型，英优带着毛利等人来到了母亲曾经服役的房子。看过母婴健康手册的柯南等人证实了颖佑的血型确实是O型，那么为什么这水看起来那么像颖佑的姐姐呢？
在这一集的最后，柯南发现颖佑的胸前有一个奇怪的伤疤...
495红色和黑色的碰撞令人昏昏欲睡。兰说，颖友突然失踪了，失踪前他说在医院打听妹妹的消息时，遇到了一个疑似父亲同事的人。辨别的方法是通过类似于他父亲发邮件时的电话按键。柯南断定，潜入没有水的医院的不是中情局，而是该组织，于是他去医院和美国联邦调查局商量对策。通过询问医生，柯南确认了黑组织的人在医院里没有发现水的痕迹，并锁定了三名嫌疑人。
496红黑碰撞入侵。通过柯南的诱惑，美国联邦调查局查出了黑组织成员南天，并意外得知颖友做过白血病手术。
497红与黑的碰撞惊醒，美国联邦调查局对偷拍南天病人名单事件处理不当。不幸的是，这惊动了他。虽然南天在逃跑过程中自杀了，但金等人也了解到了水屋所在的医院，正在赶往医院的路上…
在这一集里，柯南从朱迪老师等人那里了解到了赤井悲惨的过去。原来，他曾是宫野明美的男朋友，并利用其姐姐宫野志保的关系，以朱兴达的化名潜入该组织。由于变现突出，不仅得到了拉伊的代号，还获得了与组织高级干部金共同行动的资格。正当他和美国联邦调查局想借此机会诱捕金，把这个组织连根挖出来的时候，因为他们的一个搜查人员的失误而功亏一篑。结果明美被组织杀害，智宝被迫逃离组织。
为了抢救水屋，GIN策划了集体食物中毒、怪味和火灾引起人员骚动、大量病人一次性涌向库浦中心医院等三大事件。在此，不得不为GIN的计划致敬，不仅可以不露痕迹地将人员插入库普中心医院，而且无意针对库普中心医院，也让美国联邦调查局完全无力还手。与此同时，我在医院的咨询台突然收到一个南天为詹姆斯签名的包裹。这朵花叫楼斗草，其实就是“夺旗”的意思！但令人惊讶的不仅仅是这场宣战。赤井还发现花盆里放了炸弹！
卡梅尔叔叔终于有机会比赛了。他和朱迪把炸弹带到一个安全的地方并引爆了它，但是美国联邦调查局发现医院同时收到了很多楠田陆道签名的包裹，其中就有炸弹！此时，在无人看守的无水病房里，我们学校的颖友还高高地举着一把剪刀。。。
499红黑碰撞迷彩，美国联邦调查局搜查人员在收集炸弹时发现，水无怜奈穿着病号服出现在电视上！搜查人员赶到惜奈的病房，却看到惜奈静静地躺在床上。原来电视上的图像是由之前的数据编辑合成的，组织已经根据炸弹里放的发射器锁定了仁爱的病房。太神奇了！
美国联邦调查局不得不采取最后一招——三辆车一起上，不换水！神秘的卡梅尔承担了没有神的运水任务。朱迪试图阻止他，但他把他打昏了。这是卡梅尔吗？此时，金酒也派出伏特加、基安蒂和科恩针对三辆车，成功判断出卡梅尔的车里没有水。
500红与黑碰撞的最后一句话，面对金和他手下的逼近，卡梅尔本打算用车技摆脱赛道，却突然被一个装满炸弹的箱子袭击，3号车也撞上护栏停了下来。本来用来睡觉的水，关键时刻没有释放出来。就在基安蒂准备摆脱晕乎乎的卡梅尔的时候，3号车突然爆炸了。水屋和琴酒顺利回归组织。美国联邦调查局和柯南精心策划的计划输了吗？
原来，柯南和赤井早就发现水屋已经醒了，他们知道水屋的确是盈盈的妹妹，中情局的唐本瀛海。莹莹曾患白血病，用了姐姐的造血干细胞，做了骨髓移植，在不知情的情况下改变了血型。柯南和赤井利用英佑的出现迫使水舞醒来并与美国联邦调查局对话，他们的父亲伊桑·唐本悲惨死亡的故事再次被提起。赤井，柯南与水无约，水不作为Kir回归组织，成为钢楔！
501疑似红与黑的碰撞，柯南和赤井向因失去水武而沮丧的美国联邦调查局说明了他们计划的真实性质。原来，水屋的真实身份是中情局特工本英海，他们已经达成协议，水无怜奈除了向中情局报告外，还将继续以基尔的身份回到该组织，并向美国联邦调查局提供情报。水无怜奈的条件是她的弟弟唐本·英优加入证人保护计划。而且要求在任何情况下优先考虑中情局的任务需要，美国联邦调查局可能有问题。赤井似乎已经预料到了这个要求。。。
与此同时，重返组织的水武试图保护医院的工作人员。但GIN并没有对如此简单的拯救回水充满怀疑，这预示着柯南和赤井的计划可能不会如此顺利。
酒店里发生了一起谋杀案。受害者是一家经济公司的总裁，该公司租用39楼的酒店，主要培训外国演员。嫌疑人是托比？凯因斯，南波瑠？巴库纳，美国联邦调查局三大特工之一卡梅尔。由于卡梅尔长相凶悍，拒绝说出自己的职业，被少年侦缉队和警方视为重点嫌疑人。无奈的柯南只好偷偷打电话给朱迪，请她帮忙。
出门前，阿凯告诉朱迪要小心，说他有不好的预感，因为那天刚好是13周五。
502红与黑的碰撞是白色的。朱迪假装是卡梅尔的女朋友，并证实了他是美国联邦调查局特工的身份。终于，她放心了。
这时，为了消除疑虑，金向水舞传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
在新密华酒店，卡梅尔告诉朱迪，是他的错误导致了两年前诱捕金的计划失败。赤井的美国联邦调查局身份暴露，赤井的女友宫野明美也被该组织杀害。
水五拨通了阿凯的电话，假装在组织里混不下去了，想脱离组织，邀请他在野山路见面。詹姆斯怀疑这是一个陷阱，想把朱迪叫回来讨论一下，但阿凯阻止了他。
503红与黑相撞，柯南在新密华酒店帮忙破案。
此时，阿凯正高速向集会地点野山路行驶，但黑衣组织早已布下重围。
504红黑相撞死亡，终于到了这一集！阿凯和水武在野山路相遇，水武先用手枪射穿了阿凯的肺。通过摄像头看着情况的金，直接用手枪向水屋下达了开枪爆头的命令。于是水屋笑着说“没想到会这么顺利”，用手枪射中了赤井的额头。此时，由于警车的突然出现，水屋将阿凯的尸体横放在车上，并用定时炸弹引爆了汽车。
朱迪，他们没有看到阿凯回来，他们在新闻上看到了冶山路的枪击和焚烧案，他们非常担心。朱迪想起在讨论作战计划时，赤井曾用右手摸过柯南的手机，于是想用尸体唯一的左右手比对指纹，以确定是否是赤井。
对比的结果是指纹一模一样！！一休死了，朱迪伤心地哭了，但是贝尔摩笑着说:“又有一颗银弹了！”这是真的吗！
第二天，柯南拿回手机时，发现手机的序列号变了，但他没有问朱迪为什么，朱迪也没有告诉柯南赤井殉职的事。
508卡拉ok厅第三期大幕即将落下。本堂的应友也决定告别迪丹高中短暂的生活，去美国留学。他的梦想是成为像他父亲和姐姐一样的中情局特工，打败黑暗组织。
临行前，颖佑特意单独和柯南相处，告诉他自己已经对兰一见钟情，想告诉她，带她去美国。
临走时，应由透露，美国联邦调查局内部发生了一些事情，好像有人死了，但柯南笑着说“没关系”。
第四阶段:双重间谍！阿卡伊还是波旁威士忌？(因为第四期还没定下来，所以要根据目前的剧情给个名字。)
509红白黄侦探组
新危机！波旁、崇亚、黑白君，美国联邦调查局的朱迪搜索官打电话给柯南，告诉他水无怜奈的最新信息——组织一个新的强力成员代号波旁正式出道，目标恐怕是阿修罗，并叮嘱柯南要小心。
案子结束后，神秘人物崇亚找到阿笠博士，要求住在医生家里，但非常害怕的萧艾拒绝了。出人意料的是，柯南主动答应给冲矢昴新房的钥匙，并留下了意味深长的一句话“照顾好你的家”。(崇雅=工藤优作的理论出现了？)废话，当萧艾问起借房子的原因时，答案竟然是“因为福尔摩斯粉丝中没有坏人”！
510-511推理决斗！新沂VS冲矢昴