首先，涉及的角色不同。
03版只有一个国家，就是他们生活的国家，没有新(清)国。09版有个新(清)国，很多来新(清)国的人都参与其中。PS:新(清)瓷是按中国设计的。*最后老板不一样(剧情不一样)。
03版BOSS几乎是个人欲造贤者之石，尤其是但丁，而09版是帝国扩张和幕后黑手欲成神，称为烧瓶中的小人。两部作品中人造人以不同的方式诞生。03版是炼丹师人体制作的失败作品，09版是BOSS用自己的世俗欲望和贤者之石制作的。
第二，剧情不同
09版不是第二季，应该叫‘原创’。03版是根据原漫画作者前几章改编的动画，09版完全是根据原漫画作者画的人物。
钢之炼金术士的故事
钢铁炼金术士法于2009年制作成动画。故事的主要内容讲述了爱德华两兄弟因为触犯了炼金术的禁忌而试图让死去的母亲复活的故事。哥哥失去了一只手和一只脚，弟弟却失去了全身，踏上了弥补错误、找回身体的旅程。
因为爱德华打破了禁忌，他得到了一个宝丽来的魔法技能。不像其他炼丹师，他可以不被炼成。而因为这项技能，爱德华也成功成为了一名国家炼金术师。我本以为这样的男人在动画里应该有很强的实力，但在动画的开头，爱德华几乎输掉了很多场战斗，让人目瞪口呆，但这也成为了炼钢的区别。
与以往不同的是，在钢铁冶炼的整个故事中，作者在后续并没有添加其他设定，完全遵循了开头设定的准则——等价交换。也正因为如此，钢铁冶炼的故事结构才更加严谨。主角和反派在设定好的背景下战斗，应该是什么样的人？没有凭空而来的力量。如果你想变得强大，你必须努力。这是等价交换。