接着动画11集的剧情。
艾伦变成巨人后失控，任务失败。保护艾伦小队表示艾伦的价值大于他们自身，誓死回收艾伦，死伤惨重。阿尔敏在艾伦脖子后面呼唤艾伦，最后唤起艾伦的意识，艾伦恢复意识扛起石头堵门，其余人作为诱饵吸引被艾伦吸引过来的巨人。精英小队几乎团灭。堵门成功。作战成功。回来清点人数时发现新兵第七名之马可战死，死因不明。
艾伦醒来后被羁押在法院地下室，并且接受审判。法官要决定是由调查团还是宪兵团带走艾伦。宪兵团打算带走艾伦后毁灭之，最后在里维兵长的帮助下，艾伦被暂时判给调查团，允许调查一次后再议。
在之前的作战中调查团活捉2名巨人，希望做一些实验来研究巨人的成因，发现巨人需要光才能活动，遮光后活力变弱。某夜，巨人被不明内奸杀死。调查无果。
前十名里只有第四的阿尼没有加入调查团而是去了宪兵团，其余人都加入了调查团，包括之前要去宪兵团的让。调查团决定出罗塞向艾伦的家乡前进，为收复玛利亚之墙做准备。因为罗塞之墙南面的们已经被巨石堵住，调查团被迫从东门出发。以前从南门勘测的路线作废。
调查团出城不到半日事件，遭受神秘女巨人的袭击。该女巨人并不主动杀人，将阿尔敏打下马后只掀开其帽子，发现是阿尔敏后就跑了，后发现女巨人的目标是艾伦。艾伦受里维及其精英团队的保护（也可以看成监视），同时作为吸引女巨人的诱饵，进入了巨人之森（一个树木长得居高的森林），森林里用制动器比较方便。女巨人发现艾伦后一路狂奔，杀死了很多阻拦她的人。后来艾伦终于把女巨人引入包围圈，女巨人被活捉。里维离开艾伦单独行动。
女巨人大声呼喊吸引外围的普通巨人，普通巨人蜂拥啃食女巨人，调查团被迫撤退。女巨人也是由人类变来，只要脖子后面人类的本体没受伤就没事，在陷阱被冲破后女巨人再度出现。里维兵长的精英团表示艾伦先走他们断后，他们被团灭。艾伦悔恨不已，变身巨人与女巨人对打，不敌，被女巨人踢破脑袋，女巨人把艾伦本体咬下来，含在嘴里打算逃跑。三笠与里维赶到，三笠暴怒想要杀了女巨人，里维表示打不过。二人联手击穿了女巨人的脸颊，救回艾伦，重创女巨人。但是杀不死。调查团撤退回罗塞。死伤惨重，但是新兵前十名无人阵亡。
调查团惨败使法院把艾伦判给了宪兵团，次日在新浪城内交接。阿尔敏找到阿尼（第四名），让她当内应协助艾伦逃跑。其实是调查团的阴谋，阿尔敏从蛛丝马迹中发觉女巨人就是阿尼，之前的两个俘虏巨人也是阿尼杀的。阿尼中埋伏，用戒指划破手指变身女巨人，与变身巨人的艾伦再次决战，艾伦不敌，阿尼打算爬墙逃跑，被三笠砍断手指掉了下来。阿尼被活捉，人被从巨人身体中挖出来，但被坚硬水晶覆盖，无法审讯。阿尼爬墙时手指抠破墙体，露出墙的内部，墙内有巨人，但是因为长久不见光没有活力。调查团用厚布盖住漏洞。在与阿尼对打时发现巨人可以硬化身体，硬化的部分在巨人消失后仍然存在。于是打算让艾伦硬化堵墙。
城内的一个宗教表示知道墙的历史，但是誓死不说。韩吉（里维旁边的眼镜女）追问无果，宗教老大说有一个世代遗传的家族掌握着更多的秘密，让他们找这个家族的后人。
另一方面，罗塞墙内突然出现大量巨人。部分调查团前往调查，包括第二名的莱纳、第三名胡佛、第八名小光头、第九名萨沙、第十名金发妹子、雀斑女尤弥尔。调查团兵分4路，两路去检查罗塞墙体哪里破裂，两路去通知村民避难。路途中调查团实力仅次于里维的三毛与一群巨人缠斗，遭遇神秘的巨猿人，巨猿人会说话，还对其制动装置很感兴趣，从三毛身体上摘下制动装置，三毛死于普通巨人之手。巨猿人爬到罗塞墙顶上。
萨沙去北面自己的家乡预警。途中回忆了一下萨沙的故事，与主线关系不大。
小光头与莱纳、胡佛、尤弥尔、第十名向南检查墙体漏洞，路过小光头的村子，村子空无一人，有巨人来过的痕迹，但没有血迹。光头家里有一个巨人躺着，四肢纤细没有行动能力。向光头说你回来了，光头感觉这个巨人好像他妈妈。最后发现罗塞墙体没有漏洞。已是夜晚，一行人就在一个废弃的塔楼里休息。晚上他们被突然出现的普通巨人众包围。前辈们在塔外战斗，耗尽气体战死，新人们守塔，守住了。巨猿人从罗塞墙上丢大石头过来，意图击毁塔楼。尤弥尔与第十人回忆。第十人原来就是那个神秘家族的后代。尤弥尔为了保护她，变身巨人和楼下的巨人们对打，支撑不住的时候被赶来的三笠艾伦等人救下，尤弥尔昏迷，缺胳膊少腿，所幸人无大碍，胳膊腿可以重生。
众人在罗塞墙上休息，莱纳和胡佛突然自报身份，莱纳是铠之巨人，胡佛是60米巨人，二人意图带走艾伦和尤弥尔。艾伦变成巨人和莱纳打，起初不敌，后来渐渐扳回局面，但最后还是被击败了。三里等人和只有上半身的胡佛对峙，胡佛放蒸汽防御，众人不得近身，三笠被击晕，胡佛带走尤弥尔，莱纳带走艾伦。二人逃窜至巨人之森。艾伦醒来，发现四肢都断了在再生。莱纳表示变身巨人需要耗体力，再生也要耗体力，让艾伦不要轻举妄动。一切行动等入夜再说。尤弥尔似乎知道巨人的秘密，但是在莱纳的劝说下不跟艾伦说。
大概漫画就画到这里。