霍梅尼死的时候，哈梅内伊不是马尔贾和阿亚图拉。伊朗伊斯兰共和国宪法规定，最高领袖必须是马尔贾。哈梅内伊的圣战者身份一直备受争议。大阿亚图拉穆罕默德·阿里·阿拉基(Mohammad Ali Araki)于1994年去世后，库姆神学院教职人员协会宣布哈梅内伊为马尔贾，但4名伊朗大阿亚图拉拒绝承认哈梅内伊为马尔贾。最终，哈梅内伊以责任重大为由，拒绝接受马尔贾为伊朗什叶派穆斯林，而是接受马尔贾为伊朗境外的什叶派穆斯林。
因反对霍梅尼而被软禁的大阿亚图拉穆罕默德·什拉济不承认哈梅内伊是马尔贾。佩斯大学教授礼萨·阿夫沙里(Reza Afshari)在他的著作《伊朗的人权》中提到，设拉子对哈梅内伊被承认为最高领袖和马尔贾感到“愤慨”，他似乎更倾向于由一群大阿亚图拉组成的委员会来领导这个国家。
质疑哈梅内伊圣战地位的其他神职人员包括大阿亚图拉侯赛因-阿里·蒙塔泽里、大阿亚图拉哈桑·塔巴塔巴·库米和大阿亚图拉亚苏贝丁·拉斯特加尔·约伊巴里。1997年，Hussein Ali montazeri "质疑最高领袖的权力"，导致他的宗教学校被迫关闭，他在库姆的办公室遭到袭击，并被软禁一段时间。
控制媒体
哈梅内伊有权直接任命伊朗伊斯兰共和国的广播、电视和其他组织的领导人。国家控制着大部分广播电视新闻频道，这些亲政府的声音往往宣扬官方的强硬语言，很多人表达了对国有媒体宣传倡导的不满。哈梅内伊发布教令称，伊斯兰教严格禁止生产、储存和使用核武器。2005年8月在维也纳举行的原子能机构会议上，伊朗政府在正式声明中阐述了这一法特瓦。
几十年来，伊朗核问题一直是一个被反复提及的国际问题。伊朗政府坚称其核开发的目的是发电，但一些西方国家指责伊朗试图发展核武器。哈梅内伊被一些人视为该国保守势力的领袖。他是所有武装力量的总司令，有权任命司法机关、国营电台和电视台的负责人。
2005年总统大选前，哈梅内伊将教士梅斯巴·雅兹迪描述为伊朗最可靠的思想家之一，但据说哈梅内伊“最近关注了梅斯巴·雅兹迪的政治野心”。梅斯巴·雅兹迪是伊朗改革运动的批评者，被视为内贾德总统的精神顾问。
2007年，哈梅内伊要求政府官员加快伊朗向经济私有化的过渡。上一次私有化行动是在2004年实施的，当时宪法第44条被推翻，该条规定伊朗的主要基础设施应为国有。哈梅内伊还提出，应在司法部下属的法院保障私有制，以保护和鼓励私人投资。
此外，哈梅内伊肯定了民用核技术，因为“石油和天然气储备总会枯竭”。
2008年4月30日，哈梅内伊支持内贾德总统的经济政策，指出西方正面临比伊朗更严峻的经济问题，经济危机已经从美国蔓延到欧洲，通货膨胀也是普遍存在的问题。哈梅内伊说，经济危机严重损害了全球经济，这是过去60年来前所未有的。“这场危机使联合国对全球粮食短缺发出警告，但外媒暗示当前的高物价和国内通胀是由一些伊朗官员的疏忽造成的，这当然是不真实的。”他还强调，任何人都无权将伊朗的经济问题归咎于伊朗政府。他建议人民和政府应该满足于渡过经济难关，他还说“你们应该记住，这个伟大的国家永远不会害怕经济制裁”。科学
在2002年的一次演讲中，哈梅内伊强调了他对高等教育和科学部长穆斯塔法·穆恩(Mostafa Moeen)表现的不满，因为穆恩允许学生从事哈梅内伊认为是反伊斯兰的行为，比如演奏和学习音乐和艺术；去异教国家旅行；非宗教的实地考察。在演讲中，哈梅内伊呼吁对这些行为进行更严格的控制，并敦促大学强制推行伊斯兰价值观。
哈梅内伊支持伊朗的科学发展。他是第一批允许干细胞研究和体细胞核移植的伊斯兰教徒之一。2004年，哈梅内伊曾表示，国家的进步依赖于科技投入，社会对学者和科学家的重视有助于培养人才，保证国家的进步和发展。
人权
哈梅内伊说，人权是根本原则，它隐含着伊斯兰教的教义，领先于西方几个世纪以来所关注的人权。伊斯兰教的人权包括生存权、自由权、公平待遇权和福利权。他批评西方势力在批评伊朗人权记录时口是心非，西方势力用经济手段压迫第三世界国家人民，支持独裁者。
但是，哈梅内伊并没有将其扩展到巴哈伊教的宗教自由。他支持迫害巴哈伊教，并签署了几项计划，以减少其在国内外的影响。根据伊朗武装部队司令部主席写给情报和国家安全部、革命卫队和警方的一封信，哈梅内伊下令该司令部查明巴哈伊教信徒的身份，监控他们的活动，收集信徒的所有信息。作为“监护人”或最高领袖，哈梅内伊发布教令称，监护人对“任何穆斯林和伊斯兰事务”的决定都是“整个民族的意志和决定”。
1996年末，哈梅内伊发出教令，认为音乐教育腐蚀了年轻人的思想，许多音乐学校被关闭，禁止公共机构向16岁以下的青少年教授音乐(私人机构不受影响)。哈梅内伊还表示，“无论任何年龄和教育水平，在学校推广音乐(包括传统和西方音乐)都不符合伊斯兰教的信条和理念”。
到1999年，哈梅内伊发布了一项允许使用捐精、捐卵和代孕的法特瓦，这与埃及在1980年发布的关于辅助生殖技术的法特瓦不同，后者允许使用辅助生殖技术，但不包括来自第三方的捐赠。
2000年，哈梅内伊在给议会的信中表示，禁止修改伊朗媒体法。他指出“现行媒体法有效防止了灾难，目前正在起草的法案是非法的”。改革者和反对党经常批评他的“绝对立法权”。一些议员表示愤慨，并威胁要辞职。
2002年，他裁定人造干细胞研究在伊朗是合法的，只要制造一些人体器官就可以。
同年，哈梅内伊干预了大学教授哈希姆·阿加贾里(Hashem Aghajari)的死刑判决，他指出穆斯林应该重新解释伊斯兰教，而不是盲目追随领袖，被判处死刑。哈梅内伊要求法院重审，后来阿哈加里被判有期徒刑。
2007年7月，哈梅内伊批评伊朗女权活动人士和《消除对妇女一切形式歧视公约》。女权活动家德拉拉姆·阿里被判处34个月监禁和10鞭刑两天后，他说,“在我们国家...一些激进的女性和一些男性试图在伊斯兰规则上大做文章，以符合与女性相关的国际公约”，“这是不正确的”。
关于女性的着装规范，哈梅内伊表示，女性有义务佩戴hijab(穆斯林女性佩戴的面纱和头巾)。
哈梅内伊指出，“同性恋是当今西方世界面临的主要问题，但他们往往忽视了这一点。事实上，同性恋对于西方知识分子来说是一个重大的、痛苦的、尚未解决的问题”。
在哈梅内伊的建议下，伊朗警方于2007年启动了“公共安全计划”，逮捕了数十名“恶棍”，以改善公共安全。这些被捕的“恶棍”在邻居和摄像机前遭到殴打，并被迫将浴室使用的盛水容器挂在脖子上。哈梅内伊和武装部队司令
2009年8月中旬，一群不知名的前改革派议员向负责选举、监督和罢免最高领袖的专家会议投诉，要求调查哈梅内伊的执政资格。一周后，一群伊朗神职人员发出了一封匿名信，信中他们“称伊朗最高领袖为独裁者，要求他下台”。这封信动摇了哈梅内伊“作为伊斯兰教中立仲裁者和名义领袖的角色”，给“这个国家最有权力的人”制造了前所未有的难题。《纽约时报》报道称，德黑兰街头开始出现涂鸦文字“终结哈梅内伊”，这在不久前还是不可想象的口号。
这封信寄给了专家会议的领导人、“强有力的前总统”阿克巴尔·哈希米·拉夫桑贾尼，拉夫桑贾尼本人对选举结果提出了质疑。据美联社报道，这封信不会被86人组成的议会承认，其中三分之二被认为与哈梅内伊关系密切，并将反对对哈梅内伊的任何调查。
《纽约时报》报道称，“一名著名神职人员和前议员周日与这封信的一些作者交谈，认为这封信不是伪造的”，这封信的签名者达到“数十人，其中大多数是库姆、伊斯法罕和马什哈德的中产阶级”。2000年，哈梅内伊被保护记者委员会列为“媒体和言论自由十大敌人之一”，2007年，他被列为时代100大人物之一。持不同政见的记者Ahmad Zeidabadi、Mohsen Sazegara、mohamed nuri Nourizad和Akbar Ganji因涉嫌传播反对哈梅内伊的政策和团体而被逮捕和调查。根据伊朗媒体法，造谣、误传报道、歪曲他人言论是违法的，而诽谤国内官员、机构、组织或侮辱受法律保护和尊重的法人或真实人物，包括以图像或漫画形式出现的上述行为，都是不允许的。
哈梅内伊最具争议的决定是拒绝通过议会2000年提交的修改媒体法的法案，由他任命的宪法监督委员会在2004年伊朗议会选举中取消了1000多名议会候选人的资格。