故事讲述了在这个从东京西部分割出来的城市里，“超能力开发”被列为学校课程的一部分(学生是人体科学实验的对象)。230万人口中，80%是学生，所以被称为雪原市。他们每天都在超能的发展上互相竞争。根据能力不同，分为六级，从无能力(0级)到超能力(5级)。
故事的主角上条当麻是学院里的一个无能者，但他并不是完全无能。他的能力是让所有力量失效。只有他的右手可以使用这种能力，他为这种连上帝的奇迹都可以抹杀的能力命名为“幻想杀手”。
正因为他的右手似乎抹去了上帝所有的祝福，所以他一直过着不幸福的生活。一个暑假的一天，他在家里的阳台上遇到了一个尼姑；
这个女孩自称她的名字叫“禁书目录”,并逃离了魔法世界。现在她正在被魔术师追赶。就这样，掌握了十万三千本极限魔法书的少女和拥有神手抹杀一切奇迹的少年，将面临一系列的故事。
扩展数据:
首先，科学阵营
1.学园市占据了东京的三分之一(占据东京西部和埼玉、神奈川县一部分的圆形城市)，人口230万，其中80%是学生的巨大城市。它分为23个学区。它与外界隔绝，拥有领先世界20到30多年的最先进技术。
所有学生都接受超能力的发展。它完全由“包容各方的理事会”管理。为了防止技术和幽魂泄露出去，人口进出有严格限制。这个城市没有警察。取而代之的是从学生和老师中挑选出来的纪律委员志愿参加警察维持公共秩序，他们甚至可以被组织成一支军队。
2.科学协会学校公园市的敌对组织。我过去和田原亚索有过接触，所以我对“树形图设计者”相当了解。在“残骸”事件中，他接受了肯尼迪角(美国卡纳维拉尔角的太空基地)的派遣计划，入侵雪原城，夺取“树木设计师”的核心“残骸”。与结标淡希的联系被黄泉川爱穗破坏了。
二、魔术营
1，跨宗教
以现实中的基督教为原型。广义的跨宗教可以分为很多教派，大致可以分为天主教(旧教)和新教。旧宗教中，以梵蒂冈为中心的罗马东正教、以俄罗斯为基地的俄罗斯东正教、以圣乔治大教堂为核心的英国清教势力最强。
2.罗马东正教
耶稣受难的最大教派，在世界上有20亿信徒，由一名教皇和141名红衣主教管理，在113个国家有教堂。里面各种派系都有。教皇是选举出来的，表现为“负责世界的管理和运作”的特点，时刻关注着书院、城市或其他势力的动向。