工藤新一是一名高中侦探，有一次他和他童年时的女友毛利兰去游乐园玩，发现两个穿黑衣服的男人行为怪异。新一跟着他们来到交易地点，另一名黑衣男子趁他不注意，从背后将他击倒，并泼下一种名为APTX4869的神秘毒药，企图杀死他。
但是因为副作用，他的身体实际上又回到了一个发育中的孩子的状态。考虑到如果黑衣人知道自己还活着，肯定会牵连到身边的亲朋好友，于是他取了一个“江户川·柯南”的新化名，住在毛利兰的家里，希望在身为侦探的父亲毛利小五郎的帮助下找到黑衣人。
情侣关系确认:
大一大半辈子都是小学生柯南。但在“红色学校旅行”一章中，柯南因吸毒而短暂变身大一新生，陪小兰进行学校旅行。辛屹和小兰是公认的恋人，但是由于身体的萎缩，辛屹大部分时间都无法陪伴小兰。
现在他们终于有时间呆在一起了，小兰的朋友们都提到了小兰迫切需要为他们创造一个独处的空间。然后小兰在京都清水寺用一个吻回应了新一在大本钟手下752字的告白，两人关系正式确定。