鸣人跟随自来也出村修行已经两年半了。随着时间的推移，练习归来的鸣人与成年伙伴重聚，朝着“成为火影”的目标继续努力。与此同时，原本计划抓捕狐狸的忍者组织小，在沉寂了很久之后，终于开始行动了，目标直指拥有“尾兽”的忍者村。鸣人和萧，双方的冲突一触即发。
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经过漫长的战争，现在是一个快速增长的新时代。为了准备任重的考试，佐助的女儿内广左良娜、优秀的任侠·巳月和涡博等人正在村里的练习场练习。
第一个考试是智力的测试，第二个考试组是团队合作。不断突破重重困难的博人，终于在的见证下，在第三次考试的个人格斗场上，与鲁丸的儿子狭路相逢。就在这时，扭曲空间的大爆炸袭来，出现了自称大桶穆韬的阿朵和大桶金木。他们操纵寄生在他们手中的sharingan，一心要取鸣人性命，最后鸣人被他们带走。