1995上映的《蛋壳里的幽灵》是押井守在世界动画界的著名代表作。它与阿基拉和宫崎骏其人的一系列作品一起，成为世界著名的“日本式动画”的典型。这部在日本、英国、美国等国家同时上映的电影，迅速登上了美国公告牌排行榜的首位。《泰坦尼克号》的导演詹姆斯·卡梅隆也很欣赏这部电影，并为这部电影的日本LD版撰写文章。它直接影响了沃卓斯基兄弟，并制作了主题和形象相同的《黑客帝国》。
《蛋壳里的幽灵》最初是士郎正宗的一系列科幻漫画，由一些独立而又相互关联的短篇小说组成。虽然讨论的主题严肃，但整体风格活泼。但是在被誉为原著粉碎机的押井守导演(机动警察，幸运男孩)的操控下，不仅人物造型从原著夸张的卡通形象变得极其逼真，而且人物性格也变得成熟冷酷(想想看，漫画里的苏西是个喜欢钱，喜欢过节，也喜欢和老板争论的女人，基本上和士郎正宗其他作品的女主角一样 如苹果核战)什么东西像电影里那么面无表情，动不动就盯着一个角落)，影片基调阴郁，无论是人物的衣服还是城市的景色都以冷色为主，川井宪次悠远冰冷的音乐凸显了主人公在喧嚣的城市里发自灵魂深处的孤独。
这部电影表达的中心思想是关于人们的自我意识，或者说自我认知。虽然这个主题从古至今在哲学和文学领域都有不断的讨论，但由于现代社会新的对立因素——人与机器/人脑和人工智能的加入，使得这个主题变得更加复杂。这部电影的英文名字叫《龟壳里的幽灵》。鬼用来指构成存在的意识部分，勉强可以翻译成“灵魂”。在本片中，泛指各种“意识存在”，如“自主的人类灵魂”、“人类灵魂的退化副本”、“人工AI”、“从网络中生成的独立意识体”等。通过计算机网络，鬼魂可以互相交流。壳是用来指存在的物质部分，主要作为“意识存在”的载体，包括身体、假体、假肢、机器等。影片中，主角苏索保留着人类的大脑，而幽灵的身体却是一个人造的生化外壳，所以她经常问自己:“我是人还是机器？”“我真的存在吗？”所以她不爱惜自己的身体:为了隐身而裸身作战，长时间潜水，为了开坦克而断手断脚，直到巴特最后把她换成了一个女孩的身体；相反，傀儡王原本是一个纯粹的虚拟程序，不受外壳的限制，但在入侵了网络中无数服务器和人类记忆后，这些信息让傀儡王意识到了“自我”的存在，并声称自己是一个“思维实体”，而不是人工智能，甚至提出要与素子融合，实现人类必须借助身体完成的两个生命过程:出生和死亡。素子的实际存在逐渐从“有”走向“有”(代替身体)，而傀儡王从“有”走向“有”。