哥斯拉vs孔哥斯拉是好是坏？

自从魔斯拉、翼龙拉顿、三首恶龙·基多拉和哥斯拉的混战结束后，帝国组织在骷髅岛建立了观察区，大部分信息也对公众开放；这时，金刚已经长大了。高科技公司APEX利用信息尝试了一个大胆的任务，意图消灭哥斯拉，但是这个任务的风险和危机是存在的。然而，哥斯拉感应到了APEX的机械巨兽，开始攻击人类。

和他们一起的，还有一个年轻的孤女——姬雅，她和金刚有着独特而强大的亲密关系。但没想到的是，他们在前进的路上，在狭窄的道路上遇到了愤怒的哥斯拉，深藏在地心的谜团被揭开了。