虽然皇太极是清朝的第一任帝王，但是他不是清朝的开国之君，历来只有开国之君才能上祖的庙号，而且皇太极在位期间，也没有开疆辟土更没有其他重大功勋，他建立大清朝其实本质上只是将努尔哈赤建立的后金政权改了个称谓，所以皇太极的庙号才没有成为太祖。
清朝帝王中有三个帝王的庙号称祖，清太祖努尔哈赤，清世祖福临和清圣祖玄烨，这三个帝王对大清朝都有很大的功勋，努尔哈赤是后金的开国帝王，一般正常开国之君都是要上太祖或高祖的庙号，所以努尔哈赤获得太祖的庙号理所当然，清世祖福临就是顺治帝，虽然顺治帝在位时间不长，但是他是大清入关的第一任帝王，大清在他统治下完成了统一天下，所以他的功勋也很大，因此才获得世祖的庙号。
而康熙大帝的庙号是雍正帝给上的，雍正帝觉得康熙大帝一生丰功伟绩，南征北战，将清朝疆土扩大很多，并且平定当时清朝各地的反清势力，所以雍正帝觉得父亲康熙大帝当得起千古一帝，因此破格给康熙帝上圣祖的庙号，好像历史上也就只有康熙帝一个帝王有圣祖的庙号。
所以皇太极这个帝王就显得很尴尬，他虽然是大清朝第一个帝王，但是他的大清是承袭努尔哈赤的后金政权，直接点说就是皇太极不是一个开国之君，而且他在位期间也没有攻入关中，所以他便只获得了太宗的庙号。