序 幕 懦弱的精灵
水果世界中，水果村民们因为七色彩莲散发益果因子而健康成长，而七色彩莲内存在着一个精灵王国，精灵王子杰克具备掌管水果世界白天黑夜的神奇力量，因为有杰克和精灵们不断提供光的能量，七色彩莲得以健康生长；水果世界得以正常运转。
老霉菌为了占领水果世界，建立自己的霉菌帝国，一边培育霉菌幼苗，一边偷偷的给七色彩莲下毒。精灵王子“杰克”碰巧发现了老霉菌下毒，但因自己胆小，顾忌霉菌手上的针筒，不敢阻止，被精灵族人赶出精灵王国，外出流浪。
第一幕 果宝擂台赛
水果世界并不知道七色彩莲发生的事情，疯清扬带着果宝特攻，东方求败带着四大恶贼为了争夺女朋友，正在进行着“爱人争夺战”的擂台比赛，比赛规则是失败一方将遭到封存武器，结果双方打成平手，双方武器都被收缴封存。没有武器的疯清扬和东方求败觉得无聊，相继离开了果冻学院和水果工厂出去云游，只留下橙留香、陆小果、菠萝吹雪及四大恶贼。当他们发现七色彩莲出了问题的时候，已经只剩下他们几个去面对了。
第二幕 莲花危机
果宝特攻与小精灵相遇，小精灵向果宝特攻们说明了自己的身世和使命。小精灵的出现让橙留香、陆小果、菠萝吹雪对这个外来物种好奇不已，特别是他变换白天黑夜的神奇力量，一度把他当成电灯开关来使用。四大恶贼为了保住水果加工厂的生产产量，四下抓小精灵。
第三幕 笨贼出击
四大恶贼得知小精灵和果宝特攻在一起，为了尽快抓到小精灵，四大恶贼到台下抓小朋友当手下，以便和果宝特攻对抗。但当得知小精灵的遭遇,而又背负***同的拯救水果世界的责任时，果宝特攻决定帮助小精灵成长。
第四幕 果宝课堂 为了解救七色彩莲，果宝特攻决定培养小精灵，教他武功和知识，橙留香、陆小果、菠萝吹雪三人分别给小精灵上了武术课、文化课、数学课。小精灵学习期间，四大恶贼频频出来捣乱，想抓小精灵；但终因配合不好，而又时运不济，屡屡失手，闹出不少笑话。另一方面，大家也一边在调查霉菌老巢，想将其一举消灭，但始终找不到有效的线索。霉菌为了尽早达成自己的计划，控制小精灵，让水果世界没有白天，只有黑夜，于是扮成医生接近四大恶贼，用治好莲花为条件跟四大恶贼换取小精灵，四大恶贼不知是计，果断答应。
第五幕 山洞奇遇
学有所成的杰克精灵告别三位老师，独自回去，在路上被四大恶贼劫走，阴差阳错，五人一起掉入霉菌的洞穴，霉菌凶相毕露，要全部杀害他们。危急之时，橙留香、陆小果、菠萝吹雪带着特制武器出现在他们面前。原来果宝和四大恶贼为了拯救他们***同的七色彩莲，抵御外来破坏者，早就暗里结合寻找霉菌巢穴。这次四大恶贼和霉菌的交易早就是在果宝们的控制之内。狡猾的霉菌面对霉菌幼苗被毁灭，自己命运危在旦夕，用了一招“看，有飞机”骗过了所有人，用针筒让果宝和四大恶贼均中毒不能动。小精灵在最后关头用所学功夫跟霉菌展开了决斗，却因经验不足被霉菌打倒，在自己意志的坚持和大家的鼓励下，在山洞里面散发出阳光的力量，终于打败霉菌，救下大家！七色彩莲因为没有霉菌的侵害，在精灵们的帮助下，焕发出前所未有的活力，水果世界回到了之前的繁荣，一切回归正常。