那时候的杨士奇已经陷入了一场惊天动地的皇位争夺战之中，必须时时刻刻谨言慎行，稍不注意就会有杀身之祸，所以他的每一天过的都是相当提心吊胆的。
杨士奇从一开始就是坚定地站在太子朱高炽这边的，用他的智慧与忠诚战胜了强大的敌人，但是这个过程是相当惊险的。那时，朱高炽与朱高煦的争夺已经进入了白热化阶段，政治局势极为复杂，因为皇帝朱棣责骂了太子朱高炽。很多人都在猜测这天是不是要变了，所以，开始站在太子这边的人也开始躁动不安起来，毕竟这是事关人命的大事。当时的情况万分危机，朱棣叫来杨士奇，询问他太子朱高炽是否有造反之心，杨士奇用自己的回答回复了朱棣，他告诉朱棣，太子完全没有二心，他对您尊敬孝顺，是我们作为臣下的失职，跟太子无关，虽然我们看起来这几句话普普通通，但是当时要说出来是需要极大勇气的，至少是要冒着生命危险的。就这样，朱棣对太子暂时放下了戒心，但是，杨士奇还是为他的行为付出了代价，他被朱高煦极度仇恨，朱高煦指使手下人去诬告杨士奇，朱棣经不住他们的反复煽动，最终将杨士奇关进了大牢。