你连开关电源的原理都不懂，就胡乱分析，当然会闹笑话。
电瓶车充电器采用带开关变压器的开关电源，5N60的场效应管只是用来控制变压器初级线圈电流的通断，次级线圈输出的电流经整流滤波后才向电瓶供电的。
即：5N60流过的电流和流过电瓶的电流并不是同一个电流，5N60流过的电流并不会超过5A，因此输出端也就用不着加什么限流电阻。
这也是很多只有中学电路常识、没有接触过电子技术的普通人的困惑。以48V电瓶10A快充型充电器为例，假设采用正激型BUCK电路，整机效率85%，220V整流滤波后直流电压280V，可以估算出5N60开关管流过的电流有效值为：
I = 48Vx10A÷85%÷280V ≈ 2.02A < 5A，开关管安全。
即：开关变压器初级流过的电流有效值才2A左右，次级输出电流的有效值为9A。变压器除了能变压，也能变流的。你把给电瓶充电的次级电流混淆为初级电流，这笑话闹大了。
实际电路如下，5N60工作在开关状态：（点击图片放大看）
请问：这是你能理解的电路吗？你还会觉得输出端加限流电阻是用来保护5N60的吗？你哪只眼睛看到5N60和电瓶串联在一起了？
至于开关管发热，只要发热不严重，就不要理会，如果发热严重，说明电路有问题，就需要检修或改善散热。
如果你对开关电源感兴趣，且你的中学电路基础比较好，请抽空自学电子技术基础课程，掌握一定的电子技术基础后，再去学习开关电源原理。
写在最后：普通电瓶车充电器，和通用开关电源不一样，它输出的电压并不严格稳压，而是在一定区间波动以适应电瓶电压的变化，而且还有完善的电流调节功能来实现初期大电流充电、后期涓流充电、充满后关断以避免过度充电，并且通过取样电阻（你所谓的限流电阻）来实现电流调节及过流保护。
因此，这类充电器改成通用型开关电源（稳压而不调流）是不太合适的。不是说不能改，而是改动的地方太多，对电子技术理论基础、动手能力要求均很高，改造的不合理，会引起各种不良后果、损坏电源，甚至引发安全事故。