为加强对境外输入病例的管控，包括北京、上海在内的多个城市已开始对部分入境人员进行肛拭子检测，以提高新冠病毒检测结果的准确性。 ?一些日本人向日本驻中国大使馆报告说，他们接受了肛拭子检测。这造成了很大的精神痛苦。?加藤胜信称，日本政府已通过日本驻华大使馆向中方提出要求，希望中方不对日本赴华入境人员采取肛拭子的检测方式。对于加藤胜信的说法，中国外交部发言人汪文斌回应称，中方根据疫情形势变化，按照相关法律法规，科学动态调整相关防疫措施。?
上海已经在对入境人员进行肛拭子检测，但并非针对所有入境人员，而是根据具体的情况综合判断是否要做，其中包括其健康状况、同航班人员核酸检测情况以及是否来自或者途经疫情严重的国家。上述人士举例称，入境人员在机场经核酸检测后，如果同一航班检测阳性结果人员大于等于5例，首次检测呈阴性人员间隔第一次采样24小时后，需要再次采集包括鼻咽拭子、肛拭子、血液和痰液的全套样本送检。
肛拭子这一检测方式首次被公众知晓是源于北京市于今2020年1月20日召开的一场疫情防控发布会，当时北京大兴区新增1例无症状感染者为9岁男童，随后有关机构对病例所在学校全体学生、教职工等进行了鼻咽拭子、口咽拭子、肛拭子及血清检测。在今年初石家庄发生疫情期间，石家庄市新冠肺炎救治专家组成员王海滨也曾提到，肛拭子标本只对住院并发腹泻的新冠肺炎患者进行采集，且肛拭子采集后无明显不适。国家卫健委官方公众号健康中国此前曾发文介绍称，肛拭子检测可以在一定程度上提高新冠病毒感染者的检出率，甚至肛拭子检测阳性时间可以先于鼻咽拭子检测，而且有少部分病例在病程后期临床症状改善，鼻咽拭子检测核酸转阴后，肛拭子检测仍持续呈阳性的情况。因此增加肛拭子检测可以提高检出率，有效降低假阴性的概率，减少漏诊情况。
上海市公***卫生临床中心教授卢洪洲表示，通过肛拭子的粪便检测比通过上呼吸道样本检测更敏感、更准确，在入境人员的隔离期内进行肛拭子检测，可以第一时间发现阳性感染者，防止输入型病例引发本地感染。卢洪洲还补充称，在实际操作中，鼻拭子和咽拭子的采样可能引发不适的反应，并因此采到不合格的样本，出现假阴性结果。他也提到，肛拭子也可以通过粪便取样的方式来替代，以减轻入境人员的采样不适。