杜松子酒。伏特加出道，把新夜缩小成柯南，住在小兰家。(《过山车杀人事件》)
《为家人奇怪的杀戮》宫野明美第一次也是最后一次正面亮相。柯南对这个组织有了初步的了解。
兰第一次怀疑柯南的身份，帮忙。(“每月礼物威胁”)
杜松子酒。伏特加又出现了，柯南知道了他们的代号。
新一回来了！由此我知道一个冷+白的作品可以让他恢复原状，但是时间不长。
龙舌兰酒一出现，立刻被干掉。原来组织在找程序员。
小兰再次怀疑柯南的身份，这次是在习字的帮助下。
基德首次亮相。基德在《柯南》中只是客串还是最终会接触主线，目前还不得而知。
阿沙拉出现在现场。柯南第一次得知这种药的名字是APTX4869。但是，药物的信息被“夜公爵”病毒破坏了。
我从足原那里得知，该组织的计划始于半个世纪前，但具体是什么不得而知。“人不能逆时间的洪流而行”，这句话后面会出现。新医生出现的时候，谁也不会想到，一个看似普通的谋杀案，会为近20卷后出现的剧情埋下伏笔。
“与黑组织重聚”！格雷袁解释说，APTX4869是程序性细胞死亡。苦艾酒在这里首次亮相皮耶斯克与足原诚司的父母很熟悉，医学的发展始于足原诚司父亲的时代。GIN提到了“那位先生”，以后会经常出现。
兰再一次怀疑柯南的身份，而这一次的剧情被很多柯迷奉为经典。
朱迪老师出现了，身份可疑的外国女性。在人鱼岛上发现了宫野志保的签名。有什么条件？
苦艾酒又出现了。“黑和黑混在一起，只会更黑。”朱迪，新电影同时出现在公交车上，这让阿沙拉感到前所未有的恐惧。赤井秀一首次登台亮相。
熊猫车事件，黑先生出道。足原在经过赤井的那一瞬间露出了恐惧。
赤井出现在佐藤的相亲里，然后他在监视侦探所。目的是什么？朱迪老师提到了“美国联邦调查局”。
味美思的箭靶上贴着柯南、兰、阿沙拉的照片。柯南平平安安的去拜访朱迪老师，但是那个神秘的女人真的不太好理解。(《英语老师VS西方著名侦探》)
不和谐金苹果隆重登场！时间追溯到一年前，那时阿凯还是一头长发。莎伦上台了，她和尤西子一起学过变脸。辛屹和兰救了凶手，做了精心准备的伏笔。(工藤新一纽约事件)
白雪、黑影、黑色组织再次出现，这次他们的目标是程序员板仓。柯南第一次和琴酒对决时也一度陷入危机，但最后不知道琴酒放水了还是疏忽了，所以柯南侥幸逃脱。板仓的日记内容丰富，有“以高傲的姿态恨猫的女王”和“我们要逆着时间的洪流，起死回生”。该组织的宗旨开始浮出水面。(与黑人组织接触)
可疑人物的活动更加频繁，无形的包围圈在一步步缩小，于是阿沙拉又感冒了。明美重新出现在人们的记忆中，给姐姐留下了几盘磁带，但只有阿沙拉知道里面的内容(尤其是最后一条让艾吃惊的信息)。芦原的父母浮出水面，“地狱角”由此而来。(藏在厕所里的秘密)
月圆之夜的二元推理！精彩的高潮揭开了很多谜题，很多角色的身份也水落石出，但也提出了新的悬念。味美思的手机按键成为了未来剧情发展的新线索。
原来手机的键音是七个孩子的开始音乐。
在触及黑人组织的魔掌的一瞬间，组织成员基尔、基安蒂酒和科伦出现了。瀛友出现在这个大厅里，在后来的发展中，他和水无怜奈成了主要线索。(“黑暗冲击！组织魔爪伸出的那一刻”)
血型之谜从此开始。(有一集，铃木叔叔说“他(基德)非常喜欢大宝石”)
红黑系列，新高潮出现。小兰的新同学颖友总是给柯南不好的感觉。他到处寻找他的妹妹英海。瀛海看起来和水无怜奈一模一样，但是她的血型不对。黑暗小组到处寻找水无怜奈，得到美国联邦调查局帮助的水无怜奈假装昏迷不醒。被本堂的应友攻击后，不得不说出自己的真实身份。原来，水无怜奈就是这个大厅的瀛海，取代他被谋杀的父亲成为中央情报局的卧底。水无怜奈答应赤井秀一重返组织，但他接到的第一个任务是杀死赤井秀一。赤井秀一有牺牲的嫌疑。
水无怜奈把信息泄露给朱迪，并派了一个强有力的侦探波旁。工藤新一的房子搬到了一个名叫冲矢昴的新房客那里。据海原爱反应，此人人脉很广。他是组织的卧底波旁还是重生的赤井秀一？
一个疑似赤井秀一的人出现了，脸上有烧伤的疤痕，右眼明显被火烧过。最终，该男子拿起劫匪的手枪，在柯南被劫匪劫持的紧张时刻向其开枪。根据漫画，这个人是右撇子。
刀疤男昙花一现，然后在商场给朱迪老师留了张纸条“这里危险，快跑”。这时，正在商场里，和常第一次见到了刀疤男。刀疤男用别人的手机把商场里发生的案子的推理发给了毛利小五郎。吉恩，基安蒂酒和其他人试图测试赤井秀一是否还活着，并证明基尔是否是卧底，但柯南巧妙地把他引开了。与此同时，常也在寻找刀疤男，但刀疤男在瞄准时对着眼前的景象诡异地一笑。