故事讲述了半妖少年犬夜叉和穿越时空的少女日暮戈薇，以及驱魔人珊瑚弥勒佛、叉尾妖猫云母、小狐妖七宝与死敌奈落斗智斗勇，四处寻找四魂玉碎的奇遇。
犬夜叉是怪物国王方和人类公主十六夜所生的半恶魔。从小到大，无论是人类还是怪物都没有包容过我，所以我想得到四魂之玉，成为一个彻头彻尾的怪物。然而，当他遇到守护翡翠的人类女巫桔梗时，他们因为同样孤独的心情而逐渐相爱，于是他同意桔梗用拥有四个灵魂的翡翠的力量将犬夜叉变成一个完整的人类。但是悲剧开始了。
鬼蜘蛛，一个一直觊觎桔梗的强盗，把自己的灵魂卖给了一个怪物，生下了奈落。他乔装成犬夜叉，打伤了桔梗，抢走了它的四魂之玉，然后又把自己变成了桔梗，甚至还袭击了犬夜叉，这让原本相爱的两个人互相仇视。五十年后，穿越时空的日暮戈薇再次唤醒了犬夜叉。随着四魂玉碎、桔梗死亡之谜被揭开等一系列事件的发生，犬夜叉和他的同伴们开始了寻找四魂玉的漫长旅程。