首先要选好伴侣。选择伴侣的最佳选择是漫画中被捆绑的角色，比如蝴蝶和猪。他们经常进行自动防护和自动辅助攻击，还拥有三人极限耐力。
另一个是选择战斗模式。有三种战斗模式:终极忍者模式、觉醒模式和传送模式。
终极忍术模式可以使用终极忍术；当血量降到第二巴血时可以爆发觉醒模式；强化方式主要是同伴支援、辅助进攻和组合招式。
战斗界面
屏幕顶部的绿色条是一个血槽。如果停留在第一个血的时候，血槽是绿色的，落到第二个血的时候，血槽是橙色的。
血沟下面的蓝色沟是脉轮沟。需要查克拉使用瞬移，普通忍者，终极忍者，查克拉对手里剑的依附，按Y键就可以保存。
脉轮槽底部的四个横条是身体替身运转的使用次数。体双的操作一次会消耗一个条，体双的操作槽会在等待后被填满。
角色下面的两个小头像是同伴的头像，也有使用限制。等待时间过去后，当头像正常显示时，可以按LB键和RB键调出。如果选择了传输模式，同伴会自动跑出去帮忙，不用按LB和RB键，也不会耗费同伴使用的次数。
值得一提的是，正在辅助的同伴一旦被对方破开，被终极忍者击中，需要更长的时间才能恢复。
在body double的底部，会弹出当前使用的战斗模式提示；使用忍术时，屏幕左下方会出现忍术的名称；移动提示将出现在屏幕的左侧或右侧。
屏幕左下角是项目栏。项目栏一次只能显示四个项目。按十字键使用它。