很多年后，鸣人和佐助长大后，开始了各自的成长历程，大家都看到了！不做吉祥解！后来在很多消息的牵引下，4代得知他们的儿子鸣人可以控制九尾查克拉为己用。他们对此很感兴趣，于是指派内池波鼬和幽灵陌生人去抓他的儿子鸣人回去！在此期间，当自来也阻止他时，他陷入了困境，并被迫这样做。内池保鼬用他的终极忍者技能“天空之照”，留下了“邪火”。自来也对邪火非常感兴趣，并收集它来研究。佐助加入大蛇丸后，自来也也带着鸣人踏上了艰辛的心路历程，希望变强的鸣人有朝一日能阻止四世同堂的野心！在此期间，自来也加强了鸣人的身体艺术，并教鸣人学习:
终极暗影分身(这个忍者只能分离出一个分身，但这个分身不是被攻击时消失的分身，这个分身和本体的忍者一样，属性也一样)。九尾灵(鸣人短时间内可以和九尾结合，但是长期结合会让鸣人精神崩溃。大家都看过火影忍者和九尾生气时的组合。这个忍耐力就是让鸣人自由控制自己的变身)。终极忍法:天杀术(自来也研究了雪貂黑邪火的天杀术，研发出一种新的忍法，威力与天杀术基本相同)。而且鸣人还练就了自己的独门绝技:大禹螺旋丸(普通螺旋丸的强化，其强度是普通螺旋丸的数倍！)。
而佐助在这三年里也学到了很多:雷遁(涉猎很广，从雷英偷来的封印卷轴中学到的)，火遁修罗之炎(自悟，强化凤仙花的火术)，雷于谦之术(强化千鸟，自悟)，得到了大蛇丸对通灵兽和蛇的血祭。并实现沙林根“摄魂”的另一种手法(可以让看到沙林根的敌人在一定时间内无法自由使用查克拉，查克拉少的忍者会失去意识！)关于佐助的片段，现在国内有这个段子！相信大家都看到了，就不详细解释了！
在此期间，小莫也被纲手训练成了一名优秀的医疗忍者！
在与大蛇丸的三代战斗后，黑暗面得知了大蛇丸转生的意义。自来也阅读了禁忌之书，了解到轮回必须每三年改变一次。经过三年的训练，鸣人开始明白了很多，不再是那个傻傻的鸣人。虽然他还在笑，但他成熟了很多。为了阻止大蛇丸转世成为佐助，纲手毅然决定进攻大蛇丸的隐仁村！苦战，佐助放了大蛇丸！因为目标(打死黄鼠狼)没有达到，我也跑了。虚弱的大蛇丸，找不到转生的办法，只好投胎到窦，但窦却潜心研究大蛇丸转生的奥秘，在大蛇丸虚弱的同时，吸走了大蛇的全部耐力！战斗结束后，追踪鸣人三年的臭鼬开始了对鸣人的强烈追求。
有一天鸣人在山里练忍术，臭鼬和鬼地出现了。双方激战正酣。如果是他们中的任何一个，都有可能赢，但是两个都更好。鸣人杀了鬼地之后，查克拉终于用完了，输给了臭鼬，输了。佐助一出现，两个人就展开了激烈的战斗，臭鼬最终被佐助打败。在临终前，臭鼬说出了真相。佐助伤心欲绝，正要离开，却遇到了凯。为了夺回佐助，凯展开了激烈的战斗，但赤井还是输给了佐助。就在佐助进攻的时候，卡卡西出现了，挡住了进攻。晕倒前，他对佐助笑了笑。木本樱也在这个时候意外出现，催促佐助投降，不料被佐助甩了。佐助走了，小樱伤心地哭了。顺便说一下，她利用纲手帮助卡卡西和鸣人疗伤。鸣人醒来的时候，很兴奋。卡卡西暂时没有生命危险。带回木叶后，纲手帮忙做了诊断和治疗。卡卡西没有生命危险。赤井被转移到卡卡西身边。纲手得知此事后，派了一个秘密部门去追踪佐助。自来也似乎把鸣人叫走了，并告诉鸣人，佐助可能比鸣人更糟糕。
我不能再写了。我好累啊！这是从日语一点一点翻译过来的。直接跳到结尾...
第四代的一个男人，一个漂亮的小女孩，问鸣人是否想见他的母亲。鸣人带着女孩好奇地离开了。4代被抓，鸣人被一种奇怪的忍术封印在查克拉里，不用忍术。后来，Kodai告诉他，他是鸣人的父亲，鸣人愤怒地哭了，诉说了自己这些年的苦难和屈辱。4代借此机会畅谈自己的复仇理想，并邀请鸣人加入萧组织。后来鸣人的妈妈出现了，并劝说鸣人。佐助为了给内广一族报仇，去了萧组织的基地，秘密部门也把佐助的消息传回了。立刻带着所有人支援他，佐助顺利潜入萧，却被一个代号为“蝎子”的忍者抓住。赶到现场，与萧发生了激烈的冲突，而鸣人还沉浸在他的怀里。四代来到战场，千风刃杀了大部分忍者。、纲手和卡卡西、凯和洪...很多优秀的忍者虽然毫发无伤，但已经是一团乱麻。鸣人闻声傻傻的上了战场。他迷迷糊糊地看着眼前的景象，说:真是一场噩梦！结果被自来也惊醒了。鸣人看着所有木叶忍者的尸体，看着伊鲁卡的尸体，想起了过去。他愤怒地质问第四代怎么了，经过一番反驳，鸣人开始了他们的父子战争，在这场战争中，自来也展示了他真正的实力，非常壮观的实力！不过还是被4代打败了。正当第四代要杀死自来也时，鸣人的母亲出现了，阻止了杀戮。一些情绪化的对话激怒了鸣人。鸣人在化成九尾的状态下做出了终极翡翠螺旋丸。4代死时，又是一次情感对话。鸣人从有父母变成了一个人！
事情告一段落，鸣人一直提不起精神，上田出现了，一直陪伴着鸣人。两个人都谈到了他们的过去。最后，在上田的努力下，鸣人振作起来，第五代霍颖册封鸣人为接班人。佐助在萧之战后被木本樱所救，经过木本樱的悉心照顾，两人深深相爱，鸣人和也顺利发展成恋人。许多恋人已经结婚...