忍者的起源可以追溯到明日香时期，当时的统治者是著名的圣德太子。当时，为了执行一项秘密任务，圣德太子组织了一支名为“智能变”的军队，也就是忍者的前身。这支部队的主要任务是监视朝鲜的贵族和大臣，以帮助圣德太子迅速推进改革，并保护圣德太子。平安时期，忍者的规模扩大了，地位也提高了。它的名字变了，叫侦察兵，但是没有所谓的忍者家族。
忍者只是从军队的步兵中挑选出来，经过特殊的忍者教育训练，执行秘密任务。当时忍者执行一些不光彩的任务，比如在敌方中心或者人后制造一些骚乱，为了给自己的军队在这个时候正面进攻提供方便和配合，忍者多是从军队中挑选，再者就是从地方雇佣兵中挑选。到了战国时期，忍者不再从军中选拔，而主要从两个地方选拔，伊贺和加贺。这两个地方的人都是有资格做忍者的，可以说是提供忍者最优秀的地方。伊贺这个地方的忍者后来专门为康德家族服务。
忍者在战国时期开始发光。除了当间谍，他们有时还充当小偷。为了保持身体的敏捷，忍者必须控制体重。一旦陷入绝境，无法完成任务，就必须服毒自杀。这时候忍者的作用和明朝的锦衣卫差不多。当德川幕府灭亡后，忍者的作用和地位逐渐消失。