艾伦成为巨人后，失去了控制，任务失败。艾伦保护小组说艾伦的价值大于他们自己，他们发誓要追回艾伦，造成重大伤亡。阿明在艾伦的脖子后面叫着艾伦，终于唤醒了艾伦的意识。艾伦恢复了意识，用肩膀扛着石头堵住了门，其他人则作为诱饵吸引被艾伦吸引过来的巨人。精英队几乎全军覆没。门被成功堵住了。战斗成功了。回来清点新兵人数时，发现第七名新兵凯尔被杀，死因不明。
艾伦醒来后被关押在法院的地下室接受审判。法官要决定是由调查组还是宪兵队带走艾伦。宪兵队打算把艾伦带走并摧毁它。最后，在里夫队长的帮助下，艾伦被临时判给调查组，让调查讨论了一次。
在之前的战斗中，调查小组活捉了两只巨兽，希望做一些实验研究巨兽的成因，发现巨兽需要光线才能移动，遮光后生命力减弱。一天晚上，巨人被一个不知名的间谍杀死了。调查毫无结果。
只有前十名中的第四名阿尼没有加入调查组而是去了宪兵队。其他人都加入了调查组，包括之前要去宪兵队的让。调查小组决定离开罗塞特，前往艾伦的家乡，为收复玛利亚之墙做准备。调查小组被迫从东门开始，因为玫瑰墙南侧的孩子们被巨石挡住了。先前从南门勘测的路线无效。
调查组离开城市不到半天，就遭到了神秘巨人的袭击。女巨人没有主动杀人。她把阿明下马后，刚把帽子掀开，发现是阿明就跑了。后来她发现女巨人的目标是艾伦。艾伦在列维和他的精英团队(也可以看作是监视)的保护下，同时作为吸引女巨人的诱饵，进入巨人之林(一个有高大树木的森林)，在森林里使用刹车很方便。当女巨人发现艾伦时，一路狂奔杀死了很多拦住她的人。后来艾伦终于将巨人引入包围圈，巨人被活捉。李维让艾伦独自行动。
女巨人大声呼喊吸引外围的普通巨人，普通巨人蜂拥而至吃掉女巨人，调查小组被迫撤退。女巨人也是人。只要脖子后面的人体没有受伤，就没事。陷阱被打破后，女巨人再次出现。里夫上尉的精英团说艾伦先走了，然后他们就被团灭了。艾伦懊悔不已。他变成一个巨人，和一个女巨人打了起来。战败时被女巨人踢中头部。女巨人咬掉了艾伦，试图逃跑。当美琪和利瓦伊赶到时，美琪大怒，想杀死女巨人，但利瓦伊说自己打不过她。他们一起刺穿了巨人的脸颊，救出了艾伦，给了巨人沉重的一击。但是杀不死。调查组撤退到罗塞特。伤亡惨重，但前十名新兵无一阵亡。
调查组的惨败使得法院将艾伦判给了宪兵队，交接于第二天在新浪城进行。阿明找到阿尼(第四名)，让她做内应，帮助艾伦逃跑。其实是调查组的一个阴谋。阿明从线索中发现，女巨人就是阿尼，之前的两个被俘虏的巨人也是被阿尼杀死的。阿尼遭到伏击，用戒指割破手指，变成女巨人。她与变成巨人的艾伦进行了决定性的战斗。艾伦输了，阿尼打算爬墙逃跑，但她的手指被李三切断，她摔了下来。阿尼被活捉，那人从巨人的身体里被挖了出来，但被坚硬的水晶覆盖，无法审问。阿尼爬墙的时候，手指划破了墙，露出了墙的里面。墙里有巨人，他却毫无生气，因为他已经很久没有见光了。调查组用厚布盖住了漏洞。在和阿尼战斗的时候，我发现巨人可以硬化身体，在巨人消失后硬化的部分依然存在。所以我打算让艾伦加固墙壁。
这个城市的一个宗教团体说他们知道长城的历史，但是发誓至死也不告诉他们。韩姬(李维旁边那个戴眼镜的女孩)询问无果，宗教老大说有个家族世代相传，掌握着更多秘密，让他们去找这个家族的后裔。
另一方面，玫瑰墙中突然出现了大量的巨人。一些调查小组前去调查，包括赖纳、胡佛、小秃头、萨莎、尤弥尔。调查组兵分四路，两路检查玫瑰花墙哪里破了，两路通知村民避难。途中，实力仅次于李维的三毛与一群巨人搏斗，遇到了神秘的大猿人。大猿人会说话，对他的刹车装置很感兴趣。三毛从身上取下刹车装置，三毛死在普通巨人手里。巨猿爬上了玫瑰墙的顶端。
萨沙去北方老家警告。途中回忆了一下莎莎的故事，和主线关系不大。
小光头、莱昂内尔、胡佛、尤弥尔和第十个人去南方检查墙壁漏水。他们经过小光头村，村里空无一人。有巨人的痕迹，但没有血。秃屋里躺着一个巨人，四肢细长，没有动弹的能力。告诉秃子你回来了。秃头男人感觉像他的母亲。最后发现莲座墙上没有洞。已经是晚上了，这群人正在一个废弃的塔里休息。晚上他们被突然出现的普通巨人包围。前辈在塔外战斗，气尽而亡，新人守塔守住。大猿人从玫瑰墙上扔出一块大石头，意图摧毁这座塔。尤弥尔和第十个人的记忆。第十个人原来是那个神秘家族的后代。为了保护她，尤弥尔变成了一个巨人，在楼下和巨人搏斗。当她支撑不住时，李三·艾伦和其他赶来的人救了她。尤弥尔处于昏迷状态，没有胳膊和腿。还好人没事，她的胳膊腿还能重生。
每个人都在玫瑰墙上休息。赖纳和胡佛突然宣布。赖纳是穿着盔甲的巨人，胡佛是60米的巨人。他们打算把艾伦和尤弥尔带走。艾伦变成了巨人，与莉娜战斗。一开始被打败，后来逐渐扳回局面，最后还是被打败了。李三和其他人对抗只有上半身的胡佛。胡佛穿上蒸汽防御，不允许任何人靠近。三顶帽子惊呆了，胡佛带走了尤弥尔，勒纳带走了艾伦。两个人逃到了巨人之林。艾伦醒来后发现自己的四肢都断了，正在再生。雷纳说，成为巨人需要体力，重生也需要体力，所以让阿伦不要轻举妄动。一切行动都要等到晚上。尤弥尔似乎知道巨人的秘密，但在赖纳的劝说下，他不会告诉艾伦。
也许这就是漫画的结局。