这个故事始于密花市的唐本音乐学院。在学院的一间教室里，大提琴家水口洋介和钢琴家连燕正在练习。坐在他们对面河边拉琴的小提琴手听着，邹皱起了眉头。然后她拿出手机，输入短信，按下邮件键。与此同时，教室爆炸了。。。水口和连城不幸身亡，玩家虽活了下来但经过奋力抢救后昏迷不醒。黄昏时分，白鸟、佐藤和高木组成了一个破案专案组。(白鸟平时很少出现在电视上，但他终于在剧场版中露脸了，虽然没有台词。)
过了几天，柯南去学校工地检查时，兰给心怡打了电话。柯南急忙用变声器处理。兰告诉新艺，音乐学院的创始人唐是一位世界级的管风琴演奏家。为了庆祝以他的名字命名的大厅的落成，将举行一场纪念音乐会。花园的父亲与唐本有友谊，所以花园邀请大家一起观看内部排练。除了唐本精湛的表演，还有造诣很高的花腔女高音秋庭怜子的精彩演唱。这个机会千载难逢。(因为园方特意吩咐兰邀请新来的，兰自然不会错过见新一的机会)柯南显然无法以新一的帅气形象出现在兰面前，于是以同样的借口忙得不可开交。兰继续试图说服新一。情急之下，新一只能脱口而出。不要总是安排我不必要的事情。。。被心怡骂得没用的兰，自然很不高兴。和欣怡吵了一架后，她生气地挂了电话。(我真的很生气。哦，你怎么能说我是多余的？哼，我还是那么喜欢你。)放下电话的柯南松了一口气(女生不好缠)，发现有琴键在他脚边爆炸时弹出来的。当他拿起钥匙抬起头时，他看到了唐本音乐厅的主任调音师·谱和匠的身影，并朝远处挥了挥手。
两天后，大家聚集在唐本音乐厅排练。暮光之城小组也来到音乐厅调查此案。这时，剧中的人几乎都到场了。每个人的身份就这样清楚了。
唐本音乐学院的创始人唐本一挥手，就是国际知名的钢琴家。两年前，他宣布将退出钢琴行业，主攻管风琴，并建造了唐本音乐厅。他花了很多钱买了一架世界一流的风琴放在音乐厅里，成为音乐厅最大的卖点，并请他合作了30多年的导演。
千草拉拉是另一位花腔女高音。最初，她是由友本指定的主唱，但后来，在球员的推荐下，决定由丘挺担任音乐会的歌手。
丘挺的性格傲慢而冷淡，她对国际刑警的调查和询问也漠不关心。好像大家对她的印象都不太好。
小提琴家山根紫音，因为爆炸事故，她更换了播放器的演奏部分。由于缺乏大场面的出场经验，mm经常被丘挺训话，很可怜。
除了表演者和歌手的意外，还有两个人影。一个是挥手之子，友本叶璇，他是一个优秀的钢琴家，并担任音乐会的导演。另一个是调音师米拉，是友本从国外特别请来的管风琴。
经过调查，似乎没有什么可疑的地方，团队也想不通。这时候我们的侦探少年团就开始兴风作浪了。学校要举办校歌合唱比赛。孩子自然要为班级争光。眼前有这么有名的歌手姐姐，怎么能错过机会呢？所以在孩子们去世后，迪丹小学的校友丘挺终于答应给孩子们当合唱指导。为了校友着想，不然以我的性格，没办法。
第二天，兰和渊源在公园打网球。在休息期间，紫苑提出了一个新的38次。如果她不提，又激起了兰的怒火。哦，我还没有忘记前两天的争吵。(新兰恋真的很难处理。)作为一个超级灯泡园，这个时候一定有很多东西要做调解人。她说，你和新一去告诉法官。吵架的时候看起来像是世界末日，但是过了几天又莫名其妙的和好了。记得初二的时候，有一次你冷战了很久，好像是最久的一次。你们为什么吵架？后来是怎么和好的？(此时园中三八精神正盛)镜头立刻切到初中的兰和心怡。太浪漫了。这绝对是超级新兰迷们的标准剧情。是的，你们为什么吵架？白兰迷惑不解。可能是我们和好的时候，忘记了吵架的原因。对于新一，兰不会怀恨在心。我只记得那天和新一一起回家。。。话还没说完，花园继续进行38个小时。你们两个真的很奇怪。为什么吵了这么多架还在一起？偷偷摸摸。兰连忙告退。没办法。家在同一个方向(真的是这个原因吗？当我经过河岸时，我听到了一首美妙的歌曲。两人都被优美的旋律吸引，同时停下了脚步。或许是被歌曲感动，似乎两个人的心情都有所好转。唉，你争什么？让我们言归于好吧。
这一天是丘挺与少年侦探队约定的日子，丘挺如约来到了小学。虽然丘挺性格孤傲，但他对音乐的指导一点也不含糊，虽然只是校歌比赛这样的小儿科。第一个被批评的是袁太太，声音太大了。你没有自己独唱。(没办法，太胖有底气)，弘彦，你干嘛盯着前排的女生看？(前排那个女生？谁啊。小忧也。。。严光暗恋萧艾的事被曝光了。哦，拜托，给别人留点面子吧。萧艾，孩子们应该表现得像个孩子，唱歌的时候不要假装大人。(小艾不服，我根本不是小孩子，哼)步美，你很厉害，很有才华。你唱的最好(哇，你终于听到一个好字了，走起路来很美)。最惨的是你(话题急转)。柯南，你从头到尾都跑调了。你简直是“五音不全”，教不了你！大家都笑了。柯南五音不全是不争的事实。哦~，他会成为这辈子所有人的笑柄。兰，你的钢琴也有问题。语气不准确。这架钢琴很久没有调音了。听完评论，柯南和萧艾同时意识到，丘挺具有“绝对音感”的天赋，可以在没有任何参考音的情况下判断音调。都说巴赫是一个拥有“绝对音感”的天才，这是音乐家宝贵的天赋。
批了这帮小鬼之后，自然是口干舌燥。丘挺伸手去拿她包里的水，水却不见了。。。
回头一看，只见袁太太手里拿着一个热水瓶。哼，听说歌手为了保护嗓子，吃什么喝什么都很讲究。我刚在你包里看到这瓶水。可能我喝了就跟你一样了(刚才被你批评了，好不爽)。。。
袁太一抬头，开始咕嘟咕嘟。。。“啊~”一声刺耳的尖叫，只见袁夫人捂着脖子，痛苦的躺在地上。孩子们惊呆了，赶紧上了救护车。。。
经医生诊断，所幸无生命危险，但袁泰将有4、5天不能说话。柯南警觉到有人在水中下毒，目标是丘挺。如果丘挺喝了它，她将不能参加三天后的音乐会。为什么要针对她？到底是为了什么？
丘挺和少年侦探队护送袁太太回家。在巷子里，一辆卡车尾随其后。突然，卡车加速，疯狂地冲向大家。“快跑！”“在柯南的一声令下，大家开始了与卡车的生死搏斗。”向右转！“柯南带着他的小朋友藏在右边的小路上。因为是急转弯，以货车的速度，不可能马上转弯，好让大家幸免。。。丘挺仍然只是向前跑，摔倒在前面的岔口，看着卡车从她身上碾过。。。紧张~，是不是又要死了？青山同志当然不会让女主角这么容易就死在电影中间。很晚了，但是很快。一辆出租车从对面开来。如果卡车径直开过，那一定是两辆车相撞的结果。无奈，卡车只好沿着岔道转向另一条小路，罪犯弃车而逃。(没有危险，先喘口气)
接到报案后，断定罪犯的目标已经锁定在丘挺。当务之急是在丘挺周围派一名保镖。高木，你去吧。高木傻傻地说，哦，那秋庭很美。这时候大家要注意佐藤的脸，带着吃醋的表情，对高木不冷不热的几句话(第一次看到佐藤吃醋，好像她和高木的地下恋情发展顺利)。两个警察还在荒郊野外斗嘴，黄昏时分接到报案。同为唐本音乐学院毕业生的小提琴手智田和中提琴手曾根也分别遇难，现场发现的银笛与第一次爆炸时一样。三个银笛刚好可以组成一个完整的银笛。很明显，这是一起连环杀人案。死的四个人都是音乐学院的同一届毕业生，组成了四重奏。银笛的三个部分都不见了。这意味着谋杀结束了吗？为什么罪犯把目标锁定在那四个人和丘挺身上？这四个死人和丘挺有什么关系？暮光之城的成员们再次陷入了沉思。。。
柯南不会等到黄昏等人得出结论。第二天一大早，他去了丘挺的家，借口是他需要丘挺指导他。对孩子有好处。不管三七二十一闯进去，最多被认为是调皮。如果是别人，早就被举报入室盗窃110了。
虽然丘挺不想被打扰，但他对这个小家伙无能为力。他告诉柯南，他今天没有时间，明天有一场音乐会。今天，他会去森林呼吸新鲜空气，调整自己的状态。哦，我要出去，所以我得快点。这时候柯南使出他的“装嫩”杀手锏:“姐姐，我好渴。有什么喝的吗？”柯南抱着丘挺，迅速扫视了她的房间。书桌上有一张丘挺和一个英俊哥哥的照片，相框前有一只银笛。那个年轻人是谁？为什么会有银笛？这时，丘挺回来了，发现柯南在她的房间里。她生气地拉上门，严厉警告不要偷看女生的房间。喝完酒，她赶紧回家了。
丘挺出去了，后面跟着柯南。不用管我，就当我不存在好了(反正今天和你在一起)。走在森林里越来越黑。柯南警觉了，有黑影是不好的感觉。突然，影子的枪指着他们，柯南拉起丘挺就跑。影子紧随其后，以同样的速度射向另一边。也许是因为跑步时很难瞄准，也许对方不是训练有素的职业杀手，影子的射击只是擦过了丘挺的脚踝。但他毕竟受伤了，跑不快，这就给了犯罪分子更多的机会。但就在这个时候，故事的情节也发生了巨大的变化。犯罪分子居然放下枪，让他们跑了。(青山同志最后在想什么？)
在丘挺家的楼下，高木和佐藤正在等他们(哦，高木是被派来保护丘挺的，那佐藤为什么要来呢？看来我还是不放心高木单独和PPMM一起来。。。)这时候也下了车，拦住，问她和一个叫项的人的关系。丘挺依然冷漠地跟在她后面，说:明天音乐会结束我会告诉你的。
项呢？你脸上有痣吗？柯南在黄昏时问。“哇，柯南，你太有才了，怎么什么都知道？”高木几乎糊涂了。柯南狡黠地笑了。我刚才在丘挺的房间里看到了这张照片。就是那个帅哥。“马光是丘挺的未婚夫。两年前死于一场事故。原因是那天四方成员强行劝酒，而香妈酒量不行。所以在这种情况下，丘挺对那四个人的死有很大的嫌疑。。。"
下午，大家都聚集在唐本的家里。毛利大叔突然语出惊人。他认识凶手，也就是唐本的儿子。为什么？毛利大叔自信地说，根据我的调查，你是贝多芬的崇拜者，所以你把头发弄成了贝多芬的样子(真的很喜欢)，你更讨厌不尊重贝多芬的人。丘挺小姐那天随口说她不太喜欢贝多芬的第九交响曲，所以你怀恨在心，想尽一切办法报复。所以你是杀害丘挺小姐的凶手！(大家都差点晕倒，这也是推理？这个时候你完全可以排除这也是犯罪的可能。)弦也大怒:我头发天生就是这样，遗传了我妈！贤还拿出相册，翻到一张他小时候和父母的照片给大家看，证明发型确实是遗传的(他母亲几年前因病去世)。柯南眼前一亮，好熟悉的面孔。。。高木还拿出一个笔记本，上面写着香妈的简历，向大家报告，香妈没有亲人，母亲早逝，父亲也不知道为什么。案件似乎有了新的突破。柯南看了一眼笔记本，突然一道白光闪过。。。
第二天是演唱会的正式演出，早上大家都来看彩排。少年侦探队的成员也很兴奋。步美和广彦都穿得很正式，好可爱。袁夫人虽然不会说话，但还是带了一支小笛子来抒发自己的情绪。但奇怪的是，调音师·米拉无处可寻，也无法通过电话联系。虽然他已经完成了大部分的调音工作，但还需要微调。没有办法，只能让谱，帮他调试。结束后，大家一起去吃饭。这时候柯南找了个借口跑了，还告诉兰他一定会在正式开始前回来，就消失了。
回到大厅，不出所料，丘挺在那里。她正在调试风琴。“果然，你也觉得那声音很奇怪。”柯南问。经过几次不成功的调试，丘挺告诉柯南，没有出路了，我们必须出去找唐本。当他们来到唐本最喜欢的湖边时，影子残忍地杀死了他们，柯南和丘挺被击中后脑勺后昏迷不醒...
正式演出的时间到了，但是丘挺一直没有出现，也联系不上。时间紧迫，只好换人。这时，作为第一人选的千草拉拉对唐本说，让我来吧，我会比丘挺更好...首映礼开始了，大家在园方特意安排的二楼VIP包厢就座，但是有两个座位是空的，柯南和心怡没有到。布美和兰还是满怀信心的期待柯南和心怡。他们都信任自己所爱的人。
这时候我才知道电影院的好处。这部电影制作的另一个卖点是出色的音乐效果。高质量的影院音效是看电视电影享受不到的。让观众享受一场高水平的演唱会。带有宗教音乐特色的管风琴回声缠绕在耳边，大家都被这种流传了几百年的古典音乐深深吸引...
另一边，柯南终于醒了(看来凶手还算仁慈)，他唤醒了身边的丘挺。他们发现自己在一艘小船上，漂流在湖中央。船上没有纸浆，离湖岸也很远。因为他们是来开演唱会的，两个人都没有手机，所以根本无法求助。我们做什么呢
此时，音乐厅方向传来爆破声，情况紧急...柯南环顾四周，终于在一栋高楼的墙上找到了一部公用电话。只能通过这个电话110。这个时候，我们的柯南就不遗余力的在这部电影里做了最牛逼的阐述。他告诉丘挺，电话的每个按键都是以一定的频率传递信息，也就是说，如果有同样的频率使它能够传递，那就和打电话一样。1和0的频率分别为* * *和* * *赫兹。丘挺说没问题，她可以发出这样的声音。她给柯南演示了1和0的声音，柯南跟她练习了一次。丘挺想知道当他们离那栋大楼这么远的时候，他们怎么能摘下听筒。柯南说一切都在我身上，但是如果摘下听筒后我们不能马上准确的说话，电话就会自动切断，所以我们只有一次机会！
柯南和丘挺用手划着船(船速极快，和划桨差不多，观众哄堂大笑)，确定了最佳位置。我们的柯南本来是要发挥他天下无敌的射击技术，一脚飞起来的。他腰间的足球正打在听筒上，他听到了信号声。一，二，三！两个人同时发言，110，太神奇了。电话那头说“这是110”，成功了！(这时候大家也发现了一个大秘密:柯南也有“绝对音感”，也晕倒了，那他为什么唱歌跑调呢？)
这里最大的问题是，他们怎么让110知道自己在离电话听筒那么远的地方。我是到片尾才发现的，可能要问青山同志了。
不管怎样，佐藤和高木乘直升机来营救他们。当直升机升上天空时，它看到音乐厅被熊熊大火包围。丘挺说，因为音乐厅的设计是完全隔音、防火、防爆的，所以即使是这么剧烈的爆炸，里面也根本听不到(这个技术太牛逼了，青山同学都能当建筑师了)。大火也已经阻断了通往外界的通道，外界无法开展救援工作。柯南这时自言自语道:兰，我来了，等等我。
秋庭继续。我知道四楼有一个地下通道可以进入内部。在火燃烧之前我会带你去那里。佐藤决定让飞行员先把他们降落在音乐厅顶层，然后把柯南送到安全的地方(毕竟这么危险的时候带孩子不方便)
当直升机接近顶楼时，丘挺和高木先跳了下去。当佐藤告诉飞行员带柯南回去准备跳伞时，柯南说凶手在音乐厅。当凶手袭击他时，他看到了凶手的脸，他能认出是谁。就在佐藤犹豫要不要带柯南的时候，音乐厅外的另一道光束爆炸了。再犹豫就太危险了。佐藤把柯南拉了下来...
四个人从顶楼进了四楼的防盗门。进防盗门的时候，柯南把侦探组的听筒扔到了门外(知道为什么吗？)。走下台阶，我进入了音乐厅的内部。高木告诉丘挺，找到它很容易。为什么说是秘密通道？秋庭邪邪的笑了笑，我从这小子身上学来的，指着柯南，你问问他，他真的看到凶手的脸了吗？高木和佐藤无言以对...(扮演我们俩)让柯南装无辜傻笑。
音乐厅外的梁柱还在爆破。有23个* * *，每隔一段时间就会爆炸一次，但爆炸的时间似乎并不相等。凶手是怎么控制的？柯南一行人进入了音乐厅，但内部仍未受影响。每个人都被美妙的歌声所吸引。听着音乐，丘挺和柯南同时意识到，是的，就是这个不协和音。每次唐本一挥手按下不协和音，光束和柱就爆炸了。柯南问丘挺在整场音乐会中他弹了多少次那个键，到目前为止按了多少次。秋庭的心算很快，一次* * *是24次，到目前为止已经打了20次，也就是说只有4次。音乐厅里有23根梁柱。当23根梁柱全部爆破后，第24次爆破...炸掉整个音乐厅！
音乐会还在继续，不协和音还在演奏，爆破还在继续...21次，22次，真的没时间了！！！
突然音乐厅里又传来一首歌，熟悉的曲调，熟悉的歌词。这首歌在日本家喻户晓，曾是唐泽寿明的日剧《白塔》(White Towers)，没错，就是《奇异恩典》(Amazing Grace)。所有人都对突然的歌声感到惊讶，更惊讶的是看到丘挺慢慢走向舞台。唐·本也不玩了，大家对这一切不知所措。停止了一起玩，也就是停止了爆破。佐藤和高木迅速检查音乐厅的各个部分。当他们走过一个房间时，他们听到了里面的撞击声。情况很可疑。他们携手合作。佐藤破门而入，高木立即举起了枪。两个人都大喊:“我们是警察！”(完美的姿势简直是史上最强夫妻组合，酷毙了)但是他们惊呆了。房间是用绳子绑着的外国调音师·米拉...
稳住了场面后，柯南深深的看了一眼坐在二楼包厢里的兰和为心怡预留的空位子，然后目光转向了对面的包厢。没有人在那里，但在厚厚的窗帘后面有一只手拿着遥控器...
这时，唐本也演了《奇异恩典》，影片在丘挺的歌声中达到高潮。秋庭唱完，谁知道唐本居然继续弹之前没弹过的曲子，不协和音就要继续了...
柯南冲到对面的包厢，对幕后黑手说:出来吧，谱和匠先生！谱和冷冷地说，用不了多久音乐厅的23根梁柱就会倒塌，当第24个音符弹出的时候，我们所有人都会葬身火海...柯南还冷静地告诉光谱和，我已经识破了你的诡计，只需要两分钟就能拆除你设置在机关里的雷管...(什么时候拆的？太神秘了)，光谱和笑声，挥舞着手中的遥控器，即使这样，你还是打不过我...柯南:看看谁笑到最后...把手放在背后，打开手表，瞄准，然后转身...但是...你手表的瞄准针不见了...什么时候消失的？原来柯南被黑手袭击的时候，柯南被甩的很远，摔的时候手表的瞄准针也掉了...(医生，能不能强一点，青山！该死的，这个时候，我们还是留下种子来考验我们的心吧)
先稳住他。此时，柯南讨论了他是如何知道凶手的故事以及他的目的:“你不想伤害丘挺，所以你想尽一切办法阻止她参加今天的音乐会。毕竟，她是你死去的儿子的未婚妻……”
谱和:“你怎么知道？”
柯南:“那天我在唐本家的时候就知道了。贤也给你看的照片是你年轻时的样子，跟相马广昌一模一样。我也看到了你那天开的车。车牌是光生日的组合，我在高木的笔记本上看到了光的生日。这就解释了为什么音乐学院有四个人意外死亡，而且都保留了一部分银笛。恰好一位优秀的银笛演奏家，在丘挺的家里，我在照片前看到了一只银笛，这是对他的纪念。你不能原谅那四个人逼他们劝酒，导致醉光在一次事故中死亡。作为音乐厅的指挥，你自然对音乐厅的结构了如指掌。所以你绑架了米拉，把最后的调音权留给了你。至于你为什么要炸掉音乐厅，那是因为你讨厌手的挥动。你曾经是他的钢琴调音师，你和他共事了30年，但他两年前突然转向管风琴，建了这个音乐厅，邀请你做导演。他的所作所为迫使你离开了自己热爱的钢琴调音工作，成为了自己不喜欢的编导。这一切让你恨他，恨这个音乐厅，你希望他们被摧毁……”
谱和:“你说得对，那就让这一切都毁灭吧……”举起遥控器...
佐藤已经把枪对准了谱手和对面，但是因为柯南在前面，她无法开枪，心里默默念着:柯南，别动，别动。
在这个时候，我们不能不忽略萧艾，他每次都在最关键的时刻挺身而出。萧艾抓起袁夫人带来的小笛子，在柯南上吹了几个音。这个时候，大家都会很迷茫。萧艾吹笛子是想转移凶手的注意力吗？如果你这么认为，那就是和柯南最大的不同。柯南收到笛子后，大脑神经立刻通过旋律的英文字母反应出“射”字。我明白了，刑警的目标是开枪，所以我能做的只有…趴下！
柯南蹲下时，佐藤扣动扳机，准确地击落了遥控器。
至此，真相终于大白，大家的心终于可以放下了。
柯南感谢了萧艾，萧艾轻描淡写地说:我没办法。毕竟你是我的伴侣(这时，新的爱情又开始了。其实萧艾也是感动的，因为只有柯南才能理解她所做的一切)
这是电影的结尾吗？青山同志当然不会只是让大家知道为什么是88，影片结尾还有一个很重要的情节不容忽视。毕竟新一没来。
兰也很兴奋。她记得。当丘挺演唱《奇异恩典》时，她记起来了。那是她和新一冷战时在河边听到的歌。要是新一今天能来就好了！
当兰走出音乐厅来到湖边时，突然从远处传来了奇异恩典的声音。兰迫不及待地寻找着声音。演出结束后，柯南拿着小提琴站在兰面前。兰急忙问:那新一呢？新一在哪里？柯南装嫩平静地说，信义哥刚刚在这里拉了小提琴，然后就走了。兰继续被感动着。新一，你终于来了。你也记得这首歌。
最后，我和丘挺谈论了《奇异恩典》。说这是光最喜欢的歌，光也很喜欢那个江边，所以我经常去那个江边唱这首歌，我很想念他。兰心里说，是啊，这首歌是送给她爱的人的，所以听完这首歌，我和心怡就和好了。
本片其他疑点说明:为什么唐·本两年前突然转攻管风琴？
当谱和唐本有了如此深厚的友谊，却仍然让他离开自己心爱的工作时，园子终于听不下去了。
她大声告诉谱儿，对于最亲密的朋友，一定要对他们有绝对的信任，相信朋友永远不会抛弃你。
这节课献给了乐谱和讲真:乐谱和求和，虽然你有“绝对的音感”，但你不得不接受老去，随着年龄的增长，调音技术也会有偏差。我跟了你30年了。你是我最好的朋友。我太了解你了。你如此热爱你的事业。我怎么忍心说出来？所以我转向管风琴，建了一个音乐厅，希望我们还是最好的合作伙伴。
园子一语中的，兰心说，新一，我永远相信你！
柯南忍不住问兰:“你那天怎么知道是新小提琴？”观众以为兰会说，那是我和新一一起听的歌。谁知道青山同志在这里还有一个大目标...“很简单，那家伙总是跑调~”柯南晕倒了，就算他有“绝对的音感”，他还是五音不全。