001过山车杀人事件(组织)
043江户川柯南诱拐(父母知道变小了)
048~049外交官谋杀案(同时出道，先恢复)
054电子游戏公司谋杀案(组织)
057，058福尔摩斯粉丝谋杀案(平治知道身份)
128涉黑组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织(组织)的女子大学教授谋杀案
170，171暗阁死角(新外观)
176，177，178告别黑暗组织(组织)
188-193复活危急生命(心怡、兰)
226、227格斗游戏的陷阱(朱迪出道)
230，231谜一样的乘客(阿凯出道)
来自芝加哥的258，259人(詹姆斯在现场)
269，270件犯罪纪念品(其中提到了警方关于毛利人的档案被盗)
271，272遗漏紧急隐藏(朱迪)
277，278英语老师VS关西侦探(朱迪)
中华街284~285号雨中似曾相识
286、287、288工藤新一纽约事件(不用说了)
307，308无声的证据(组织关联，下集介绍)
309，310，311接触黑色组织(组织)
335、336杜东发展学院的秘密(与神秘人)
338，339 4保时捷(朱迪和贝尔摩假装是新发现)
340，341藏在厕所里的秘密(更多关于丧父母的信息，找明美的隐藏录音带)。
便利店343，344的陷阱(最后一段是小兰发现了一张朱迪隐藏的疑似朱迪的照片)
345面对面对抗黑组织月圆之夜双重谜团(不多说)
346，347寻找P股上的印记(案件最后一集，关于证人保护计划被拒)
385-387斯特拉迪瓦里小提琴的非xx音
425黑撞击！黑组织魔爪伸出的那一刻(水无怜奈出现，小五郎被怀疑，如果不是秀吉，他早就死了)
429-430回不去之前的两个人(本堂)
462黑组织的阴影，年轻的见证人
463黑色组织的阴影，奇妙的照明
464黑组织的暗影之谜，奖励很高。
465黑色组织珍珠流星的阴影
466坚不可摧的雪人(第一部分)
467无敌雪人(下)
484黑人照片的下落(第一部分)
485黑人照片的下落(第二部分)
491红黑碰撞的开始
492红与黑的碰撞血缘关系
493红色和黑色的冲突
494红色和黑色的碰撞
495红色和黑色之间的碰撞昏睡
496红黑碰撞入侵
497红与黑的碰撞觉醒
498红黑之间的碰撞扰动
499红黑碰撞迷彩
500红与黑碰撞的遗言
501红黑之间疑似碰撞
502红色和黑色的碰撞是白色的
503红色和黑色的冲突
504红黑相撞死亡。
507歌厅的死角(第一部)
508歌厅的死角(第二部)
也有一些案子本身没什么，期间一两句和组织有关系，或者隐藏了心酸的话。
130-131竞技场内没有发生胁迫事件(故事内容与主要情节无关，但足原诚司说过的一句话曾让柯南迷觉得:“工藤新一，也许你自己也不知道，其实你早在半个世纪前就在组织的计划中了。”这到底是怎么回事？杰作大概不是半个世纪前诞生的吧！看来要等青山解释了。)
222-224导致死亡的人鱼传说(人鱼岛名册上有宫野志保的名字)。
242元简直是灾难(好像杜松子酒是左撇子)。
246-247网里的谜(艾和兰握手)
253-254本堂的刑爱故事(案件本身毫无意义，无法言说。有两个值得注意的地方。首先，小兰在酒店看到赤井秀一时，觉得似曾相识。第二，柯南和新初联手扮演高木警官，一个有身材有动作，一个有声音。满月觉得可能是从这一集开始，柯南对自己的新身份产生了怀疑。因为他注意到了新的超级模仿能力。)
279-280迷宫的幽暗(这一集说了很多；主要情节只讲到了一点。在柯南的要求下，医生去克里斯的网站查资料。原来她是已故美国明星莎伦·宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，当记者问及此事时，克里斯神秘地回答道:秘密让女人变得女人。另外，Hiko也出现在了沙龙的葬礼上，但是帽檐很低，所以美国网站显示当时没有人认出Hiko的身份，但据传这位日本曾经的当红女明星也参加了葬礼。)
289-290失落的森林里的广彦(上集和下集)(提到Ai对组织气味不再敏感。一郎沼羽是该组织的成员。)
312-313木偶戏感染夕阳(关于夕阳的哀悼)
329-330金钱买不到的友谊(在这一集里，我提到了阿沙拉的父亲:宫野厚司。原来他是化学领域非常著名的科学家，被称为“被科学界流放的疯狂科学家”，待人亲切有礼，是阿笠博士的老熟人。)