动画版的北斗神拳有没有与漫画版不同的剧情？

有的，主要是在最后，第二部的最后。漫画最后阿玲失去记忆，昏迷不醒，而健次郎为她治疗后，她睁开眼睛第一眼看到的人就会爱上他，在阿玲睁开眼睛的瞬间健次郎蒙住了她的双眼，将她放入巴托的怀中，然后亦然走向隔壁，为了他的爱人尤利亚，健次郎承诺，为了扶持弱者会永远的战斗下去！TV版最后打败雷奥，只是对以往的战友的回忆，过了一遍幕就结束了。

总之第二部没有什么意思，建议你看完第一部就可以了，第一部是经典！