被称为漫画之神的手冢治虫先生在反战漫画的领域里，也是位不可忽视的先驱者。在他的许多作品里，都对二战期间日本政府的罪行有多多少少的描写。
这些作品里，《纹纹山的蛇精》和《蜘蛛女》是非常有代表性的两个短篇。
《纹纹山的蛇精》的主人公是一位住在山村里的少年阿茂，和一个被蛇精附身的年轻男子。阿茂是个胆小软弱的孩子，而且其貌不扬，他在纹纹山里遇上了住在一棵老杨树下神龛里的蛇精，从此两个人成了朋友。蛇精教阿茂如何面对困难，帮助他克服恐高症，帮助他上树捕捉抓熊蝉，阿茂在快乐的环境里逐渐长大。可是当他考上城里的中学时，日本对中国的侵略战争终于爆发了。“村民们每天拿着国旗，高喊‘胜利’，欢送那些被召去当兵的人。”那个被蛇精附身的年轻男子也被召去当兵，并且死在了中国战场上。不久，新的消息传来，已经被阿茂当作家的纹纹山将根据战争的需要被建成军事基地，山上的树木都会被砍光，山在哭泣。阿茂鼓起勇气爬到和蛇精相遇的老杨树上，用自己的力量和那些来砍老杨树的大人们斗争，但最后还是抓住。山上的树全被砍光，蛇精的神龛被破坏，昔日宁静的纹纹山充斥着呼啸而过的军车和飞扬的尘土。又过了几年，战争以日本的失败告终，熙熙攘攘的军车和士兵都消失了，留下的只有纹纹山的叹息声……
《蜘蛛女》的故事对旧日本政府的抨击更为直接， 据说这个故事是手冢先生从别的漫画家口中听来的。
间岛和丸桥原本是同门学画的师兄弟，他们两人同时爱上了老师的女儿由纪。战争爆发后，丸桥为军方服务，绘画宣传日本对华战争是有神灵庇护的，“正义”的“圣战”的小册子，成了颇有权势的军部御用画家；间岛牢记老师“画自己想画的东西”的教诲，没有服从军队方面的指示，而是继续创作着宣扬和平的作品，和政府唱反调。然而，由纪爱上的偏偏正是这个已经被军部列为思想犯，每天都被秘密警察监视的间岛，和他约定好当“和平的喜悦”完成后两个人就结婚，这令丸桥大为光火。于是，丸桥利用人际网，通过警察的手将之逮捕，并用硫酸弄瞎了他的双眼。被释放回家的间岛再也无法画画了，他一度想到放弃绘画和由纪，但由纪努力的开导他，帮助他完成了“和平的喜悦”这个作品。可是当作品完成时，由纪却黯然离去，间岛在地下找到了六个月前就已被丸桥害死的由纪的骸骨，那骸骨上缠满了蜘蛛网……
手冢先生无愧于漫画之神的称号，他对待历史公正无私，笔下丝毫没有妥协的余地。
在八、九十年代崛起的比较年轻的日本漫画家里，在作品中表现反战思想的也不在少数。这其中又以草剪琢人最为突出。他的《上海丐人贼》直接将敌人设定为名叫“关东军”的侵略者，并以拷贝的方式，有意将许多日本人没有见过的杀害后砍下人头的中国平民、强奸后被剖腹的中国少女的照片制作在作品里，这是过去的许多漫画家也不敢画的东西。《上海丐人贼》的主人公东风是个近似于侠盗的人物，他在这个架空的世界里组织了义勇军，和关东军展开激烈厮杀。作品里的敌人，在服装和武器装备方面都直接沿袭了旧日本陆军的统一制式，所要表现的东西一览无余。
寺泽大介的《将太的寿司》虽然是部饮食漫画，但是某一章节里却有意无意的提及了日本战败后留在中国东北的日本遗民后代：两位开寿司店的老夫妻，他们年轻的时候应日本政府的号召来到当时被日本占领的中国东北开店。可是不久，日本战败了，他们随着归国人流回到了日本，但他们这时还很幼小的儿子却在混乱中失踪了。几十年后，他们的儿子出现在了他们面前。原来，他在和父母亲走散后被一对开烤鸭店的中国夫妇收养，他们明知道这孩子是日本人，还是以默默的收养了他，在这几十年里无微不至的关怀着他、保护着他。那孩子们长大后，婉言谢绝亲生父母一起居住的要求，留在了中国养父母的身边，并决心用中国烤鸭酱做出最奇特的寿司……（虽然从做寿司的角度来看有些古怪，可故事还是很感人的）
还有一些我们比较熟悉的漫画作品，都曾经正直的面对二战的日本问题。和月伸宏的《浪客剑心》站在第三者的立场对明治政府和它后继者的所做所为加以了否定；北条司的《少年青空之夏》表现的是一群原本有着自己生活的少年，如何在日本军政府膨胀的野心里被燃尽有为生命，变成无用的火花：荻野真的《夜叉鸦》则抨击了一些现代政治圈里对恢复二战时期日本“武勋”尚抱有妄想的伪善政客，并间接指斥了一直被一些右翼日本史学家高度评价的“2.27兵变”的本质；即使在藤子?F?不二雄的《机器猫》这样的作品里，也有许多故事以调侃的方式表现二战末期日本军国主义政府的暴虐不仁和战争期间日本人民的艰苦生活。像这样的漫画还有很多，这至少证明在日本漫画家里，抱有正确历史观、希望人们能了解历史真相者还是大有人在的。