其他人的尸体，不管是活着的还是死了的，都回到了原来的大海。最后世界上只剩下他们两个了。最后，真治掐住了明日香的脖子，已经处于假死状态的明日香猛然惊醒，就这样结束了。其实很多人都说这是新世纪的亚当和夏娃。但是，我觉得结局太痛苦了。虽然世界上只剩下一男一女，但他们未必真的幸福。
他们会直接从现代社会回到原始社会生存。估计以后他们会吃亏的。这个结局显然是痛苦的。漫画结局基本遵循和动画一样的流程，但最后不仅是明日香，姬神也直接回到了最初的海洋，所有的灵魂一起回归，没有了新一代的亚当和夏娃，于是整个世界真的按下了重启键重新开始。终于，人类社会又发展成了现代社会。在东京留学后，信二可以在火车上看到已经成为遗物的EVA制作机。下了火车后，信治又见到了明日香。
然而这一次，不是因为大家都是伊娃的司机，而是因为两个陌生人在路上相遇，也许他们连再见的机会都没有。显然漫画版的结尾更感人。这一次，主角真嗣终于没有人倒下了。很明显，重生的世界是一个没有使徒和EVA的正常世界。这样的结局更能让人接受。所以我觉得EVA老剧场版的结局并不是大团圆结局。