斗鱼是根据小说《小雏菊》改编的，故事的情节如下：
两个世界的人，可以是朋友、可以是仇人、可以错身而过，但是如果他们相爱了，结局只有走上灭绝的命运。就像飞鸟恋上鱼，拼了命想厮守一起，但却是害了对方，毁了自己。
然而越是天差地别的两人越能互相吸引，越是困难阻碍的环境越是奋不顾身。义无反顾的爱情除了教人心动，也让人心碎，只是这一切总要在生命的青春燃烧殆尽之后，才能明白。
对于国中读女校，家教甚严的语燕来说，生活就是一连串规律的计画构成。几点上学放学、几点做功课读书、几点学钢琴补习，都在规定的时刻内进行，甚至上高中前不管到什么地方都有父母接送。
对家里以外的世界，语燕只能透过电视机了解，但只要是暴力或粗俗的节目，爸妈马上将电视转台。所以上了男女同校的高中让语燕觉得又新鲜又惊怯，班上的同学也经常取笑小燕子的无知，岁月仿佛只有改变她的容颜。
第一次见到于皓是在十七岁那年。裴语燕练完钢琴回家的路上，看到一群混混围殴一名少年，语燕依着本能逃开，但不知什么力量的牵引，竞把她带回现场。语燕机警的拿出随身携带的哨子大声的吹，这才把混混们吓跑，解了那少年的围。
‘你没事吧？’语燕走近关心的问。和着汗水血渍一脸的脏污，于皓抬起头望着她，因为这是第一次语燕对着他说话，即便他们好像认识了好多年……
于皓当飞官的爸爸很早就死了，母亲又一天到晚不在家。村子里的杨勋奇(阿奇)和单立杰(单子)是他的哥儿们，他们一起翘课、一起玩乐、一起恶作剧、一起挨罚。在那个年纪，朋友最重要，义气最伟大，三个人还跑到溪边大树的‘基地’里，煞有其事的‘歃血为盟’。
对于皓来说，有没有父母不重要，父母从来没有在乎过他，反正人生中有这两个兄弟就已足够。所以当单子偷考卷被抓时，他宁愿自己记大过留级也要出面顶罪；当阿奇得罪老鼠那帮人被围剿时，也是于皓第一个冲去，以一挡十，硬把阿奇从一群恶鬼中救出来。因为这样的气魄，单子阿奇都当宇翔是老大，甘心臣服。
因为老是闯祸，他们三个老是被少年队的辉叔叫去‘关心’，辉叔认为他们都是心地很好的孩子，只是爱玩贪新鲜罢了。每次训诫完后，还会买些文具用品送给他们。他们也知道辉叔是个老好人，是真心关心他们，只可惜花花世界的诱惑让三颗正野的心受不了管束。
三个兄弟好打抱不平，以寡击众，不怕得罪帮派混混的行为传了开来，也因为这些事迹，他们开始浪迹天涯。那是一个他们向往的世界，没有人拿分数成绩来看待另一个人，没有价值势利的衡量标准，只要你够义气，够担当，自然就有很多拥护者。于皓他们在村里的年轻人的人气地位与日俱增。
于皓出院后，声势浩大的来到班上感谢‘救命恩人’，未经燕子同意，就自顾自地成为她的保护者，上学放学总会‘巧遇’于皓，或是他的好兄弟阿奇和单子；语燕习惯行走的路上变得异常顺畅，所有的危险都会被自动挡开，全校只要是听命于‘皓哥’的，对语燕莫不恭恭敬敬，礼遇有加，甚至连工厂外的几只恶犬也不敢再对语燕乱吠。这一切的一切，让语燕从没没无闻一变而为全校名人。
语燕觉得夸张好笑，但也享受这种特殊待遇，直到隔壁班的不良少女红豆为了于皓前来挑衅，她才了解她救下的男人是多么与众不同。红豆搞不清楚，欺负语燕那简直比直接伤害于皓更要罪不可赦！他当场就教训了红豆一顿，众人均不解，为什么于皓如此珍视语燕？只有于皓自己心里明白，对语燕的情有独钟除了救命之恩外，其实还有另外的原因……
当他们还是十二三岁时，三个人就时常骑着脚踏车在村子里瞎晃，这时总会经过一户有着矮篱笆围墙的人家。傍晚时分，从房子里传来叮叮当当的钢琴声，那声音就好像是他们年少岁月的背景音乐。于皓曾经站上脚踏车往里一探……弹钢琴的小女孩清秀无比，虽然是匆匆一瞥，于皓却愣住了……彼处好似天堂，纯净安然的仿佛是另一个世界………
于皓可能这辈子也不会告诉语燕，那天把他打伤入院的小混混们，其实是因为先盯上语燕，想对语燕不利，被于皓无意中发现，出手阻挠，这才惹祸上身，而成就了两人的相遇。
虽然有点霸气、有点大男人，但语燕还是明显的感受到于皓对她的尊重爱怜，她明白他们是另外一个世界的人，那个世界可能充斥危险残酷，但也充满刺激的吸引力。也因为如此，语燕无可救药地爱上主宰了那个世界的男人。学校的警告、父母的阻止，都只让她的爱情更加一发不可收拾。父母为了她好，将她禁足，连学校都不准去。但越大的阻力却成为更大的助力，语燕不顾一切的逃了出去，一个人跌跌撞撞，终于在赛车场找到于皓。
以为失去语燕的于皓更是豁出去，不将性命放在眼里，因为他比语燕理智，他清楚语燕跟着他反而是害了她，但是当于皓看见柔弱的语燕站在疾车肆虐的赛车场中央，他再也无法隐藏他的爱意。
他告诉语燕，她就像天上的飞鸟，而他是水里的鱼，本只该远远望着她就心满意足，他要她回家，因为她干净洁白的羽毛不该沾上水里的污泥……但燕子却脱下外衣，露出手臂上环状的鱼形刺青……她已为自己作上印记，她是属于他的女人，离开他她将无所依存，于皓感动莫名，两人紧紧拥抱，仿佛天地间只剩他们两个存在。
于是江湖上开始传说，不怕死的鹰帮于皓不再毫无罩门，他的弱点就是一只脆弱的小燕子。于皓为了保护语燕，让她紧跟在自己身边，否则也有阿奇单子随伺左右，绝不让语燕曝光，直到雄哥主动要求见语燕一面。
混过江湖的人都能一眼看出，语燕必是让英雄折腰的那种女人。有同样想法的，还有单子。他几次见于皓为了语燕误事，又百劝不听，他开始不满于皓，最后在于皓为了替语燕庆祝生日而误了大事、致使有兄弟被条子抓走时，单子忍无可忍，与于皓起了冲突，两兄弟情谊决裂。
耿直的阿奇最不愿意见到兄弟分歧，他永远挺于皓，但他也不觉得语燕有错。就像单子说的，语燕本来可以过着自己循规蹈矩的生活，她或许在音乐上会有很好的发展，或许会平凡的结婚生子，过着安稳的日子。这一切只是因为她爱上于皓，就放下了属于自己的世界，她的牺牲或许更多，谁还忍心再去苛责？
语燕不想自己成为于皓的包袱，也想了解人生世事。可惜自作聪明的结果，暴露了自己的身分，也害得阿奇受伤。语燕这才了解没有于皓的她，是如此不堪一击。
她不顾于皓反对，向红豆讨教如何成为‘大哥的女人’，这时的红豆因被语燕为爱毅然离家的勇气所折服，所以与语燕成为好友，为了帮助语燕成为一个‘适任’的大哥身旁的女人，红豆使出浑身解数，举凡抽烟、自卫、踢人鼠膝等红豆得意的撇步，红豆倾囊相授、、
只是语燕还来不及学会，于皓的死对头阿豹早伺机而动，他派人日夜跟监、终于找到语燕落单的时候，阿豹的手下将语燕掳至山里空屋，惨遭蹂躏、、当单子察觉有异赶到时，悲剧已经发生了，单子愤怒，当场重伤恶徒，并立刻想找阿豹复仇，语燕却拉住单子，求单子不要泄漏此事，因为事情一传出，于皓是绝对不会放过阿豹的，那势必又是一场腥风血雨！单子当然也了解事情的严重性，他忍痛答应语燕，这件事成为两人***同的秘密……
单子为断后顾之忧，独自去找阿豹，表明他知其幕后操纵者，并威胁阿豹要将他密谋伤害帮内兄弟的行为告知雄哥，让阿豹颇为忌惮，以确保此事不会公开，同时为了保护小燕子，浑然不知的于皓、还在为了与单子恢复兄弟之情一事高兴着、、
匆匆两年时间经过。小燕子在环境的调教下，已然成为另一个人——染上头发、穿着大胆，手下也有数名小跟班的‘燕子姐’。有人找上麻烦还不需要于皓出面，燕子就能自己搞定。
她变成一个‘适合’于皓的女人了，但是于皓的心却一点一滴的走远……。他们开始争吵、有所怨怼，独处时，也是相对无言。语燕不了解于皓的心态，对于皓来说，语燕越是有江湖意味、他心里就越是愧疚，就像单子说的，原本有个大好前程，可能成为演奏家、音乐家的女孩子，因跟了他而变成如此容颜，当初他爱的语燕呢？真的被环境逼得不得不改变了吗？愧疚、感慨种种复杂情绪，让于皓越来越不想面对语燕、、
这天，于皓碰上高利贷抓来为父抵赌债的女孩卲筱蝶，霎那间，筱蝶无助含泪的眼神让于皓错看成当年柔弱清纯的小燕子……
于皓出面解决了筱蝶的债务，让筱蝶感激不已，同时也开始倾心于于皓，甚至积极主动地来找于皓。一开始于皓是把筱蝶当成妹妹的，但随着与小燕子的冲突上演越烈，筱蝶成了于皓倾诉的对象。
筱蝶有意让自己成为于皓的解语花，她虽然有着如小燕子般清纯的外表，但个性却迥然不同，筱蝶喜欢就积极主动争取，更何况是那么令人倾心的救命恩人？在与于皓数次交谈中，筱蝶明白其实小燕子并不适合于皓，即使于皓口口声声自己深爱着小燕子，但筱蝶知道，只要她耐着性子守在他的身旁，总有一天，于皓一定会属于他的！筱蝶甘心扮演小燕子的替身和影子，让于皓不知不觉慢慢陷入筱蝶的温柔乡里！
语燕听说于皓有了别的女人。她震惊、但不打算质问于皓，因为她不再是不懂世事的小燕子了，她知道有些东西问不得，于是两人渐行渐远，而单子始终守候在燕子身边。
这种冷漠的气氛，一直到阿豹跑路后被打破了，阿豹因为与于皓争一哥地位，两人展开一次又一次的激烈争斗，在某次谈判过承中，阿豹为了彻底击垮于皓，他有恃无恐的道出小燕子当年被强奸的事情，于皓晴天霹雳。
于皓心情沮丧懊恼到极点，他无法坦然面对小燕子，却又心痛她为他的牺牲改变，矛盾痛苦撕裂于皓，只有求一醉寻得暂时的逃避，但这一醉，却心神模糊的和筱蝶发生了关系。
这天筱蝶来找于皓，与燕子面对面。语燕一见到邵筱蝶傻了……她仿佛看见自己的翻版，清秀雅致，仿佛一碰就碎，只除了眼眸里藏不住的热情野心，邵筱蝶根本就是当年的自己！语燕不知该哭或是该笑，该对于皓的背叛痛心，还是对于皓的‘忠实’庆幸？她为这讽刺纵声大笑，为了爱情放弃自己的语燕真是情何以堪？
邵筱蝶当然知道语燕在想什么，她开宗明义就说，她非常清楚知道于皓只是把她当成燕子姐的代替品，筱蝶甚至直接了当的告诉语燕，她认为自己比语燕适合于皓！语燕震撼，不知道该怎么反驳眼前这个小女孩。
后来语燕自杀了……只是被单子所救……
在医院，单子狠狠揍了于皓几拳，怒斥他对小燕子的无情，并警告于皓如果不珍惜小燕子，他将带她远走，于皓震撼，到这时他才知，原来深爱着小燕子的人，并不只他一个！他害怕失去小燕子，他在小燕子病床前乞求她的原谅，燕子虽然装睡不理，但流下了眼泪表示心里已经原谅了于皓……
一波未平一波又起，小燕子出院后，红豆为了保护小燕子惨遭阿豹手下杀害！阿奇痛不欲生，坚持要为红豆复仇！单子要阿奇三思，但于皓却决定挺阿奇、、而小燕子呢？最好的朋友红豆为了自己殒命，让小燕子心如槁灰，再觉生命无味，他要单子将自己带离这个伤心地。
经过几天的冷静后，语燕知道，自己自始至终都还深爱着于皓，她知道于皓这时是需要她的，于是她选择回去于皓身边，单子依然无语。
当小燕子回到自己身边时，于皓欣喜若狂，于是他下定决心，与筱蝶作个了断。在听完于皓的话后，筱蝶没有一丝表情，甚至也没留住于皓，表面上看来似乎放弃了，其实筱蝶因爱生恨，心中正酝酿着一股复仇计画。
于皓中埋伏了。是筱蝶告诉阿豹的，他们串谋好，由筱蝶打电话约于皓出来谈判，然后阿豹带领大队人马，在不远处埋伏。
当小燕子与阿奇、单子赶到时，于皓已经奄奄一息了。
‘…鱼很爱…很爱…很爱…飞鸟，但是鱼…没有办法给飞鸟幸福…’这是于皓最后的话，小燕子伤心欲绝、疯狂地呐吼，但却再也唤不醒已沉睡的于皓。
语燕收拾了行李，准备离开这块是非地。她原不属于这里，只是为了于皓，而来这沼泽过了一遭。既然于皓已死，她该回去她自己的地方，虽然她知道很多东西是再也回不去了……
语燕卸下了浓妆，染直了头发，镜子里看不见身上的伤痕刀疤，恍惚间好像一切都不曾改变。
虽然单子表明心意，愿意代替于皓一辈子照顾她，但她还是决定回家。她的父母还是会接受她吧？就算不能，她也不会孤单，因为她肚子里有个小于皓正慢慢长大，只要有这孩子，生命就还有希望。她劝阿奇，江湖路不好走，回头是岸！
语燕背起行囊，快步的往回家的路上跑去，她知道，家里的大门敞开，家里的大门敞开，爸妈正在等着她…