主要看以下几个方面
第一:要看什么时候申请。员工申请和公司申请有很长的时间差。具体可以咨询律师。
第二:如果我保留原始文件，我如何证明这是员工的？
第三:作者比任何人都清楚这个故事的意义，所以他可以在这上面下功夫。
一定要提到对方挪用。如果连版权都不提，那就归公司了。但是能不能申请，要看证据够不够。要看公司其他员工是否能作证该员工是作者。
别人好找，人难找。现在社会不会仅仅为了正义而站出来。如果他出面，我相信不会再有工作了。如果那个公司足够强大，可能会在漫画的道路上被封杀。社会就是这么现实。这个社会不公平的事情太多了。中央政府法制在进行的每一天，有多少不公平的事情，顶多被报道，又有多少人能左右结果？
我这么说可能有点偏激，但是造成这种事情的员工也应该有责任。如果不先给公司看，自己去申请版权，相信这种事情是不会发生的。作者相信他会对自己的作品有感情，有信心。
既然已经发生了，那就看看怎么不让自己吃亏吧。如果真的不申请，也算是社会教学的学费吧。