1，新变柯南
TV1-2集
新一秘密观察的问题一直改不了。这一次，倒霉的新一看到了一个神秘组织和一家公司的总裁之间的秘密交易，不料被身后的金打倒在地。
新到达阿笠博士的人的到来表明医生在听完整个故事后相信了他。没想到，小兰的突然造访让他急中生智，以江户川柯南的身份蒙混过关。
2.服部哲看穿了柯南的身份
TV59-60集
通过仔细的观察和推理，服部哲仍然怀疑柯南的身份。去世的柯南将麻醉枪对准了服部哲。当服部哲醒来时，他发现事情并不简单。在威逼利诱下，柯南说出了真相。两人正式成为好朋友。
3.雪莉出来了
TV135-141集
Gin利用明美抢着玩十亿元，然后她杀了明美。雪莉对此事很苦恼，组织上也没有给一个明确的说法。
雪莉威胁要停止研究，被组织扣留等待处罚。在此期间，雪莉偷偷服用了隐藏的药物A，而逃跑的雪莉也来到了阿笠博士，并被化名为海原爱的医生收养。
中原诚司对柯南说了一句意味深长的话:工藤，我想你没有想过。半个世纪前，你已经参与了我们组织的秘密计划。
4.再见了杜松子酒。
TV176-178
Gin受组织指派去杀议员Tunkou。这期间，足原和柯南发现了Gin的车保时捷356A。柯南在车里装了窃听器。上车后不久，金就发现了窃听器和一根棕色的头发。
皮克斯成功杀死了吞口议员，发现了海原爱的真实身份。阿沙拉被带到一个酒窖。后来经过柯南的引导，阿沙拉暂时恢复了状态，逃到了屋顶，却发现金已经等了很久。
赶来救援的柯南向琴酒开枪，阿沙拉趁机从烟囱逃到酒窖。
5、美人鱼篇
TV241-243集
柯南一家和服部哲夫妇来到人鱼岛观光，期间凶杀案接连发生。当柯南调查花名册时，他发现了宫野志保的名字，包括布莱克普和三郎太。这两个名字可能是杜松子酒和伏特加的真名。
6、纽约。
TV308-310集
心怡和小兰救了贝尔莫德，假扮成凶手，这也为贝姐在满月时放走柯南埋下了伏笔。
7.板仓卓的日记
电视332-336集
板仓受到组织的威胁，被要求开发一个未知的软件，但板仓卓说，为了全人类，他不能开发这个软件。在此期间，板仓卓和贝尔摩进行了一次有意义的谈话。我们既是神也是魔，我们应该逆转时间的洪流，让逝者复活。
8.宫野志保的磁带。
电视363-366集
贝姐发现了海原爱的真实身份，海原爱在厕所里找到了宫野·艾莲娜留下的录音带。重点是磁带的内容。磁带前18卷提到艾琳娜在研究一种药物，大概率是药物a。
9.满月文章
TV371-375集
朱迪发现贝尔摩就是莎伦·温雅德，想除掉她，不料遭到贝姐的反击。在生命垂危的时候，挺身而出，开枪打死了贝姐，但尽管有防弹衣的保护，她还是被打断了三根肋骨。
无奈之下，贝姐挟持柯南人质逃走。柯南在身上安装了接收装置，监听贝姐和BOSS联系的邮箱的声音。
贝姐发现后，用催眠气体让柯南睡着，同时用手枪打自己保持清醒。柯南醒来后发现设备都被破坏了，身上盖着贝姐的衣服。
10，黑色的影响
TV459-463集
组织成员水无怜奈、基安蒂酒和科恩出现了，暗杀任务被柯南和美国联邦调查局制止了。
11，黑色阴影
TV502-505集
贝尔摩去了水无怜奈一个事故目击者的家里，引起了柯南的注意。颖佑在《毛利侦探社》做客时有意无意地把话题引到了水无怜奈身上，希望柯南等人前去调查，这引起了柯南的警惕。
12，红黑篇
TV538-551集
一个非常非常经典的杰作，水雾灵柩在执行完任务返回途中遭遇车祸，被美国联邦调查局救起。在此期间，人们发现了水雾灵奈的真实身份是蔡的成员，是一个黑组织的卧底，也证实了英佑和水雾灵奈是兄妹关系。
琴酒设计并找到了水雾灵奈，最终成功解救了水雾灵奈，但回到组织的水雾灵奈似乎有效忠的嫌疑，于是琴酒让她约布兰奇出去并杀死他，水雾灵奈按要求杀死了赤井秀一。
13，火车
电视753-756集
该组织发现雪莉乘坐了这列火车，并计划杀死雪莉，并派贝耶和博本执行这一任务。但柯南早已识破这一切，联系海东黑场假扮雪莉，期间柯南一行救下了海原爱。
火车到站后，贝姐发现雪莉还活着，但贝姐没有报案，波旁开始怀疑赤井秀一死亡的真相！
世良真纯的巧妙安排。
TV812-813集
世良打算让柯南看到他和一个神秘女孩的合影。女孩柔弱，与世良相似，要求世良叫她“场外姐姐”。
15，猩红物品
电视779-783集
一条非常关键的主线，从红黑列车，到朗姆酒。为了证实他的怀疑，波旁与贝修女联手调查赤井秀一的假死。波旁的怀疑得到了证实，赤井秀一确实还活着，但他不知道这是作为冲矢昴或。
猩文最后出现了一个经典的红茶游戏，三个骷髅头杯垫最后消失了。最后，赤井秀一展示了来自水舞岭奶的朗姆酒信息。
16，领妹出场
电视839-840集
“场外的姐姐”和冲矢昴都非常关注羽田秀喜的比赛。世良邀请柯南来访，“场外姐姐”说柯南可能达不到她的预期。
扩展数据:
电视动画《名侦探柯南》改编自青山刚昌创作的漫画《名侦探柯南》，并在《青年星期天周刊》上连载。动画首播于1996 1.8。
高中侦探工藤新一和儿时的同学毛利兰一起去游乐园，目睹了黑衣人的可疑交易场景。工藤新一只偷看了一眼交易，没有理会从后面走近的另一个同伙。他被那个人下了毒，醒来的时候身体居然萎缩了！
如果那些家伙知道工藤新一还活着，他们不仅会失去生命，还会危及他们周围的人。在阿笠博士的建议下，他决定隐藏自己的身份。当小兰问起他的名字时，他把名字改成了江户川·柯南。为了收集关于那些家伙的信息，他呆在小兰的家里，他的父亲是一名侦探。
他所知道的那些神秘的黑组织都是唯一以酒的名字为代号的组织。为了揭露那些家伙的真面目，江户川·柯南以另一个身份开始了新的生活。
参考资料:
百度百科-名侦探柯南主要故事简介