漫画的剧情要快于动画，最近一期的大主线就是漫画78卷FILE.818-FILE.824神秘列车系列。各路人马纷纷登场，除了最新的主线人物还有GIN等人，目的是：铲除叛徒sherry！灰原危险了，柯南和各方助力惊险行动，最终怪盗基德化妆成灰原躲过了波本的击杀。
新主线人物的身份揭露：
世良真纯已经正实是赤井秀一的妹妹78卷FILE.822，但是其余的身份至今不明。
安室透已经正实是组织的高层人员波本。一直以来酷似赤井秀一的“伤疤男”也是他假扮的。为的是让真的赤井秀一现身78卷FILE.823。
早就登场的冲矢昴也参与了此次主线，并且睁开了眯眯眼——就是赤井秀一的眼睛78卷FILE.824。但是他到底是谁还没有给出明确答案。
现在更新的最新的漫画里安室透现在已经开始怀疑柯南的真实身份了78卷FILE.827。而冲矢昴很有可能已经知道了柯南的真实身份77卷FILE.814。