徐树铮被称为段祺瑞的小扇子，甚至被认为是段祺瑞的灵魂，段祺瑞的一举一措，莫不出自徐树铮的谋划。段对他的信任和他对段的忠诚，以及由此产生的对民国年间中国政治的巨大影响，从两件事中可见一斑。
袁世凯称帝失败后。曾请段祺瑞出面组织内阁。但由于段祺瑞对徐树铮的信任，却致使二人生隙。段祺瑞想让徐树铮出任自己的秘书长，为此。他请张国淦出面向袁说项。张轻声对袁说，“总理想自己物色一个秘书长。”话音刚落。已猜到段祺瑞想法的袁世凯脸色一沉，“他想用谁？用谁？”张说，想用徐树铮。袁的脸色更难看了，恨恨地说，“真是笑话，军人总理，军人秘书长。这里是东洋刀，那里也是东洋刀。”末了，可能想到现在是他在求段，便说，徐树铮是军事人才。就叫他任陆军次长吧。
段祺瑞知道此事后。大为恼怒。脸色比袁世凯还难看，连手中的烟斗都扔到了地上，大声说，“怎么，到了今天，还是一点都不肯放手吗？”两边折衷的结果，徐树铮出任帮办秘书，即副秘书长。
袁世凯龙骧虎步，是段的老上司。段祺瑞为了徐树铮，敢和老上司叫板，由此可见徐在他心目中的位置。
黎元洪任总统后，段祺瑞再任国务总理。段组阁的第—件事，仍是拟任命徐树铮为国务院秘书长。如同袁世凯一样。黎元洪也坚决反对。未果后。黎只得提出一个条件。那就是决不单独见徐树铮。这个条件，乃是他对徐树铮的傲慢犯上深恶痛绝。
有一次，徐树铮拿了三个官员的任命到总统府请黎元洪盖印，黎多嘴问了下这三个官员的出身。徐树铮十分不耐烦地说：“总统不必多问，总理早已研究清楚了。请快点盖印吧，我的事情还忙得很呢。”
黎元洪贵为民国大总统，竟被国务院秘书长当面顶撞，气得脸色发青。却只敢对手下人发一通牢骚：“我本来不要做这总统的，而他们竟公然目无总统。”
民国要人中，黎元洪因脾气好而人称黎菩萨。但面对段和徐的强势，泥菩萨后来也忍无可忍。并因利益互搏而演变成史上有名的府院之争，而府院之争的直接结果便是张勋复辟。
有一种广为流传的说法是。张勋儿戏般的复辟。实乃徐树铮所策划。徐树铮此前到徐州会晤张勋。向张表示，芝老（段祺瑞）只求达到驱黎目的。一切手段在所不计。言下之意即使张勋复辟，段祺瑞并无反对意见。但等到张勋复辟时，同样是在徐树铮的策划下，段祺瑞于马厂誓师，高调通电讨伐张勋。
仅仅两个星期。张勋和溥仪的复辟闹剧便戛然而止，黎元洪黯然下台。段祺瑞则坐收三造***和的美名并东山再起。