神秘列车是前段时间的漫画系列。
是一个主要的线程内容。
最初，一个多雨的侦探小组在一场火灾中意外被困在一间木屋里。在紧急情况下，萧艾恢复到宫野志保，拯救了大家。
但也给出了组织线索。
组织潜入侦探队将要参加的神秘火车活动。
还是火车上的例行谋杀？
期间该组织一步步接近足原。芦原觉得组织结束后，为了不被牵连，大家决定再次回复宫野志保而死。
后来，贝尔摩和一个老朋友与广子的斗智斗勇，以及波旁追求足原的情节开始了。
最后，柯南与黑场海东(假扮宫野志保)和赤井秀一(假扮冲矢昴)联手阻止了这一切。
这个系列揭示了波旁、世良真纯和冲矢昴的真实身份。