这个名为F计划的项目，旨在利用留在迪迦之地的奥特曼的石头碎片，研究奥托战士的力量，让这种力量为人类所用，对抗一切外来入侵者。就在正木圭吾事件后，这个计划又悄悄开始了。超远古遗迹鲁鲁耶是迪迦奥特曼和黑暗支配者加坦基奥最后决战的战场，于是被TPC作为F计划的研究对象，胜利队的中介队长作为随行研究人员之一被派往遗迹，结果发现了黑暗世界三大巨人(克塞亚戈利亚乔娃卡米拉、达拉姆和希特拉)的石像。不幸的是，由于探索过程中对奥特曼力量的过度追求，这三个三千万年前被迪迦封印的黑暗巨人复活了，调查小组除了中介队长之外都活了下来。达拉姆和契特拉放出了大量邪恶的鸟——佐加，企图让世界的天空再次笼罩在灭绝的黑暗中。至此，在中介队长的身体里，3000万年前的地球护卫团团长——幽惜的基因苏醒了。她释放了一个类似于地甲之地金字塔的结界，封锁了废墟，挡住了佐加和三个黑暗巨人的去路，然后继续沉睡。
另一方面，与莉娜一起旅行并结婚的大谷，在舍利事件后经常做非常离奇的梦，出现幻觉。先是梦见和莉娜一起参加婚礼的宾客都变成了克塞尼娅·戈雅乔娃·卡米拉，然后看到三个黑暗巨人和无数佐加小妞来毁灭城市，而我却得到了一根黑色的魔杖，只能变成黑暗迪迦。但当我回过神来，什么都没发生，甚至因为我在幻觉中说出了Ksenya Goryachova Camilla的名字，引起了Lena的不满(其实Ksenya Goryachova Camilla是黑暗迪迦3000万年前的情人)。
在TPC总部，胜利队的副队长宗芳正在为中介俱乐部的队长为了自己去废墟而感到内疚，而TPC的高管们则认为。这次调查任务的失败是因为其过度追求奥特曼的力量，为了保证世界能够继续和平。他们决定炸毁废墟。但坚信队长不会死的宗方和胜利队成员坚决反对炸毁废墟。此时，身在废墟最黑暗处的居间惠船长醒了。她在迷茫的状态下，看到了超古城遗址。在她身后，有克塞亚·戈雅乔娃·卡米拉、达拉姆和希特拉...
大谷和丽娜回到TPC总部，玩家为了不让大谷停止战斗，没有告诉他队长的事情。为了确保船长安全返回，胜利队成员出发前往鲁鲁耶废墟营救船长居间惠，但由于遭到大量幼鸟佐加的攻击而失败。
那天晚上，为了知道黑暗迪迦的真相，大谷去了TPC的仓库寻找可惜的时光机，但是时光机在播放了这段黑暗迪迦与克塞尼亚·戈雅乔娃·卡米拉、达拉姆和希特拉一起毁灭世界的视频后自毁了。就在这时，克塞尼亚·戈雅乔娃·卡米拉、达拉姆和希特拉出现了，克塞尼亚·戈雅乔娃·卡米拉在攻击大古后说出了真相。3000万年前，四个人曾经一起统治了当时的鲁鲁耶，而狄嘉在怜悯的劝说下从黑暗中转向光明，夺走了达拉姆的力量，希特拉的速度和克塞尼亚·戈雅乔娃·卡米拉的黑暗力量，并把他们封印在黑暗中(其实这些都是克塞尼亚·戈雅乔娃·卡米拉使用的幻术)。因为他非常爱黑暗迪迦，同时，为了打破怜悯的界限，克塞亚·戈雅乔娃·卡米拉把黑魔法棒给了达古，并威胁居间惠船长。她希望迪迦能回到以前的样子，回到自己身边重新支配路路叶。
昏迷中的大古看到了超古城鲁鲁耶的遗迹。三千万年前，奥特曼打倒所有敌人后，为了利益发动内战，毁灭了超古文明。尤怜告诉大古，在三个巨人恢复的时候，她释放了结界来阻止他们，结界的寿命是100年。如果达古重新获得了黑暗的力量，魔法就会消失。
为了营救中介队长，了结这段恩怨，大谷只身前往鲁鲁爷处。在《鲁鲁耶》中，大古再次变成了黑暗迪迦，而这种魔力也在转变中被打破了。而且，路路叶还爆发出了比加坦基乌出现时更强的暗能量。佐加再次将世界笼罩在黑暗的天空中。GUTS' Ya Geddes在佐加的攻击下逐渐疲惫不堪。幸运的是，未来的超级胆量(队长石壁冈介、副队长幸田敏行、队员守亚兴平和队员由美村良)前来帮忙，转危为安。而且中介队长还靠着宗方指挥官给她的护身符，拿到了掉在洞里的雷管，把佐加全部毁掉了。为了以后人类更好的生活，迪迦分别与达拉姆和希特拉作战，恢复了力量和速度，打败了达拉姆和希特拉。
在与Ksenya Goryachova Camilla的一战中，Ksenya Goryachova Camilla召唤出了超越远古的黑暗力量，成为了可怕的黑暗恶魔超级野兽迪莫杰厄。迪迦终于掉下来保护莉娜。就在莉娜开始为大古的陨落感到绝望的时候，奇迹出现了。被埋在超古文明废墟中的超古战士们把自己的光芒给了迪迦，迪迦奥特曼变成了一个闪亮的形态，最终打败了迪莫杰厄，路路叶再次沉入大海。
一年后，宅男和Lena去参加了火星移民计划。然而，在踏上征途之前，一位刚刚进入TPC的年轻人脱下帽子，向大谷敬礼。原来是鸟信！六年后，黛娜·奥特曼，那个不断保护地球对抗sfia的英雄，消失在宇宙的另一边。
虽然是后来拍的，但是把胆量和超级胆量的关系联系起来了。
为了支持亚特兰蒂斯，希皮船长说:“我们还是训练中的新兵”，这也算是超级胆量的“出头露面”。